basics Flashcards
Qual o açucar do DNA?
E do RNA?
Quais as bases nitrogenadas do DNA?
Quais as bases nitrogenadas do RNA?
DNA: desoxirribose
RNA: ribose
bases nitrogenadas do DNA: A-T / G-C
bases nitrogenadas do RNA: A-U / G-C
Quais os 3 tipos de RNA existentes?
mRNA
tRNA
rRNA
O que é gene?
Sequencia especifica e limitada de DNA que dá origem a um produto funcional
Quais os nomes do:
Inicio do gene?
Final do gene?
Inicio do gene: promotor
Final do gene: sequencia de termino de transcrição
Alguns tipos de RNAs não codificadores (RNAs que não codificam proteínas) ajudam a regular a expressão de outros genes. Esses RNAs podem ser chamados de RNAs __________. Por exemplo,______________são pequenas moléculas de RNA regulatório de 22 nucleotídeos de extensão. Elas se ligam a moléculas específicas de RNAm (com sequências parcial ou completamente complementares) e reduzem sua estabilidade ou interferem em sua tradução, fornecendo uma maneira de a célula diminuir ou ajustar níveis desses RNAm.
RNAS regulatórios
microRNAs (miRNAs) e RNAs de pequena interferência siRNA
Quais as 3 fases do processo de transcrição?
Iniciação: RNA polimerase + promotor
Alongamento: adiciona novos nucleotideos na sequencia 5´3´
Termino: sequencia de termino de transcrição
Qual enzima responsavel pelo inicio do processo de transcrição?
RNA polimerase
Qual o sentido da vida?
5´ 3´
Processamento pós-transcricional, quais as 3 etapas no processamento do RNA mensageiro?
1- adição do cap 5´
2-adição da cauda PoliA
3- Splicing
Introns e exons, quais serão traduzidos?
Exons
O que é codon?
Conjunto de 3 nucleotideos que dá origem a um aminoacido no processo de tradução
O que é variante sinonima?
É sempre benigna?
- Existem vinte aminoácidos, de forma que mais de uma trinca de bases codifica o mesmo aminoácido = variante sinônima (ocorre troca de nucleotídeo, mas o aminoácido codificado permanece o mesmo)
Caso essa sequencia de variante sinonima altere a cadeia de RNA, pode ocorrer doença
O que é alelo?
São as diferentes versões de um gene e que ocupam uma mesma posição no
cronomossomo (locus);
O que é variante?
tudo que é diferente da linha de referência prevista pelo projeto genoma é chamado de variante. algo que acontece no sequenciamento do gene que pode ou não
interferir na estrutura da proteína que ela vai sintetizar;
Quais os 3 tipos de variante?
troca, inserção, deleção
Qual a classificação das variantes?
- benigna
- provavelmente benigna (90% de chance de não gerar doença)
- variante de significado incerto - efeito desconhecido sobre o organismo
- provavelmente patogênica (90% de chance de gerar doença)
- patogênica
> A e G são _________(purinas/pirimidinas) e T e C são _________(purinas/pirimidinas)
A se liga ao T e C se liga ao G (ligação _____) = essa ligação é muito forte e isso leva a modificação conformacional do DNA
A e G = purinas
T e C pirimidinas
Ligação tripla
O que é uma variante de novo?
variante presente nos filhos e não nos pais
Non-sense mediated decay o que é rabudinha?
é um mecanismo de controle de qualidade dos RNAm que degrada os RNAm recem sintetizados que possuem codon de parada prematuro
O que é penetrância?🥵
Qual a porcentagem de pessoas com o gene que apresentam o traço deste referido gene. Pode ser completa ou incompleta
- Metilação: DNA é cheio de radicais metil - regiões muito mutiladas é necessário uma força
muito grande para separar as fitas de DNA = mecanismo epigenético
— existem regiões do DNA que não devem ser lidas; pra isso o organismo coloca muitos
grupos metil ao redor, impedindo que o RNA passe por aquela região
— isso ocorre com genes cancerígenos
— muda com fatores ambientais: estresse, alimentação, exposição ao sol
Qual o motivo da existencia de introns se no final da transcrição eles serão retirados para formação do RNA mensageiro maduro?
Para codificar proteinas com formatos diferentes, a leitura para antes naquele intron que não foi retirado no splicing por exemplo
splicing alternativo, o que é linda?
exon skipping, voce pula determinado exon durante a leitura
Exemplos de doenças relacionadas a erros no mecanismo de tradução, explique a fisiopatologia de 3 delas
-ELA
-Ataxia espinocerebelar do tipo 1
Sindrome do X fragil
- Ataxia espinocerebelar tipo 1 (SCA1): erro na tradução com expansão de repetições CAG no gene ATXN1 resultando na produção de proteínas malformadas (poliglutaminas) que se acumulam nos neurônios e causam toxicidade
- ELA: erro na transcrição com mutação em TDP43 e FUS desregula o splicing de mRNAs e seu transporte, afetando a síntese proteica
- Síndrome do X frágil: expansão de repetições CGG no gene FMR1 causa metilação do promotor
O que é uma mutação misense?
- substituição de nucleotídeo ou alteração pontual na sequencia gênica > alteram o sentido da codificação do gene, codificando um aminoácido diferente; ocorre troca de nucleotídeo e a trinca nova codifica um aminoácido diferente do original
- troco um nucleotídeo de lugar de forma que essa troca resulta na troca de um aminoácido
- nem sempre é patogênica
O que é uma mutação non sense ou stop game?
- substituição de um códon normal por um códon de parada (stop codon), levando a parada da tradução no meio da sequência, parada prematura
- gera uma proteína instável e não funcionante que é rapidamente degradada
O que é sitio canonico de splicing?
Os sítios canônicos de splicing são pequenas sequências de nucleotídeos localizadas nas bordas dos introns, que servem como “sinal” para o maquinário celular chamado spliceossomo saber onde cortar o RNA.
Mutação de mudança de leitura / frameshift / out of frame o que é?
Esse tipo de mutação ocorre quando a adição ou a remoção de bases de DNA altera a estrutura de leitura de um gene. Um quadro de leitura consiste em grupos de 3 bases (códon) que codificam para um aminoácido;
se eu inserir ou retirar três nucleotídeos, ou múltiplos de três, eu estou inserindo
aminoácidos inteiros dentro da cadeia =
deleção in frame
O que é cariotipo e FISH?
avaliação estrutural dos cromossomos; como se eu tirasse uma foto do cromossomo
- feito em células vivas e é operador dependente
O que é o array?
Consegue dar um diagnostico?
comparação de um genoma controle com o genoma de um paciente > avaliação de falhas no genoma do paciente, podendo inferir que naquela região ocorreu alguma alteração.
Não dá diagnostico mas sugere regiões afetadas
O que é sequenciamento genético?
serie de metodos bioquimicos que determina a ordem das bases nitrogenadas da molecula de DNA
O que é o exoma? qual a sua porcentagem correspondente do material genetico?
sequenciamento de genes do genoma humano, com avaliação dos éxons
Exoma corresponde a 2% do genoma humano, no entanto é responsável por codificar
mais de 80% das proteínas essenciais para o funcionamento do organismo
MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) o que é
- exame genético que detecta alterações no número de cópias de genes
- porção dos nossos genes são amplificadas e estudadas; conta quantas cópias de um
determinado gene o paciente tem - detecta aneuploidias, neoplasias hereditárias e doenças associadas a micro-deleções ou micro-duplicações
Ex: duchenne/ AME
Teste de PCR (análise de expansão)
- avaliação de regiões pequenas que apresentaram expansão e de nucleotídeos que se
repetiram > amplificação de uma região específica de DNA - utilizado para doença de Huntington, SCAs e distrofia muscular de Steinert, ataxia de
Friedreich, por exemplo
Sequenciamento Sanger x sequenciamento de nova geração (NGS)
-
Sanger foi o primeiro grande passo para o sequenciamento massivo de DNA
- NGS: DNA é quebrado em pequenos fragmentos, que são sequenciados e depois
realizados através de ferramentas de bioinformática
- Sanger permite identificar variantes genéticas em sequencias mais longas de DNA, sem
necessidade de etapa computacional de reconstrução > mapeia um gráfico em cores onde cada
cor corresponde a determinado nucleotídeo
— utilizado para hiperplasia adrenal congênita
Haploinsuficiência: o que é?
Se a fisiologia normal (sem fenótipos clínicos de doença) requer mais
do que 50% do produto gênico ativo, a perda de um dos alelos provocaria uma doença.
Chamamos este mecanismo de haploinsuficiência, pois apenas um alelo ativo é
insuficiente para manter o fenótipo normal;
O que é expressividade?
o quanto o traço do gene afeta ou quantas características do traço
aparecem no indivíduo.
O que é herdabilidade?
O quanto o risco é influenciado pela genetica. Quanto a mais do seu
risco é aumentado se tiver um familiar com a doença, por exemplo, se o risco de ter uma determinada doença é 1% na população geral, com uma herdabilidade de 50%, um paciente com familiar portador de tal doença teria um risco de 1,5%;
SNPs ou snips, o que são?
pontos no genoma que diferem por um único par de nucleotídeos entre uma porção da população e outra
Polygenic Risk Score qual seu papel?
predizer o quanto é provável que um determinado indivíduo tem ou pode vir a ter um determinado fenótipo, mas sempre sem levar em consideração fatores ambientais.
mosaicismo germinativo e quimerismo
No mosaicismo em linhagens germinativas, as mutações
ocorrem seletivamente através de mecanismos pós-zigóticos, ainda nas células
germinativas, podendo ser herdadas pelos descendentes do indivíduo. O mosaicismo
difere do quimerismo, em que também se observa duas linhagens celulares com
genomas diferentes. O quimerismo, porém, é resultante da fusão de dois diferentes
zigotos em um mesmo embrião, não estando relacionado com processos mutagênicos.
Lembrar da regra de 4 a 5%.
○
Haploinsuficiência: Se a fisiologia normal
Mutações cromossomicas numericas, da um exemplo seu lixo:
Down
Quais os tipos de alterações cromossomicas estruturais? (7)
Inversão: uma parte do cromossomo se rompeu, virou de cabeça para baixo
e se uniu novamente.
Translocação: uma porção de um cromossomo é transferida para outro
cromossomo. Existem dois tipos principais de translocação:
Translocação recíproca: segmentos de dois cromossomos diferentes
foram trocados.
Translocação Robertsoniana: dois cromossomos inteiros unem-se pelo
centrômero.
Deleção: uma parte do cromossomo foi perdida.
Duplicação: uma parte do cromossomo foi dobrada, resultado em um
material extra.
Cromossomo em anel: as extremidades de um cromossomo se
fundem formando um cromossomo circular ou em forma de anel. Isso
pode acontecer com ou sem perda de material genético.
Isocromossomo: Um braço de um cromossomo está ausente e o braço
restante se duplica.
O que é a heterogenicidade alélica?
Allelic heterogeneity refers to the common occurrence of
multiple pathogenic variants in one gene that all result in the same disease or
syndrome
onde geralmente o array é utilizado?
Quadros congenitos de multiplas anomalias e deficiencia mental
O que é Wild Type:
Alelo selvagem é a forma normal de um gene encontrada na população controle
O que é polimorfismo genetico?
— A genetic polymorphism is a DNA segment for which two or more alternate forms can be found above a minimum threshold frequency
(usually >1 percent) in a population
