Bases de Dados

Question 1

Origem da informação nas bases de dados bio

Answer 1

Sequenciação de genomas e transcritos –> Bases de dados de nucleótidos (–> Previsão das bases de dados de proteínas)

Sequenciação de proteínas, Mass-spec, outros –> Bases de dados de Proteínas

Question 2

A partir da informação disponível

Answer 2

listas de sequencias, estruturas

–> 1. Anotações (automática de ORFs (open-reading frame), por curadores (pesquisa de lit. científica) ou submissão direta pelos autores): espécie, tipo de mol, função, presença de motivos…

–> 2. Ferramentas de pesquisa e análise (de texto (“google”-> browser), de sequências (semelhança), previsão (de estrutura, motivos…)): integradas, externas
c/ algoritmos em difs linguagens

!! Pesquisa por INTERFACE dif base de dados dif algoritmo!

Desenvolvimento de formatos de dados standartizados (flat, FASTA, etc)

Question 3

Instituições/ repositórios

Answer 3

Centrais:

1. NCBI (National Center for Biotechnology Information)
2. PubMed.gov (US National Library of Medicine, NIH)
3. DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
4. ENA/EBI (European Bioinfomatics Institute)

1, 3, 4–> INSDC (International Nucleotide Sequence Darabase Collaboration)

Outras instituições:
UCSC Genome Bioinf.
Sanger Center UK/ Vega Genome Browser
Fly Base
PROSITE
SIB (Swiss Institute of Bioinf)/ ExPASy Bioinfs resource portal