Annale Flashcards
Def phenotype
Manifestation observable d’un individu résultant de son genotype
Exon def
Partie d’un gene qui persiste apres epissage et maturation d’un transcrit primaire en ARNm (transcription)
Polymorphisme genetique
Coexistence de plusieurs alleles pour un meme gene ou locus chez une population
Hétérozygotes composite
2 variants pathogène differenrs dans le meme gene
Maladies digenique
Traits phénotypiques resultant de 2 choses en meme temps : 1 variant (a) sur 1 allele de la paire A et la meme chose avec variant (b) sur paire chromosome B
SNVs
Single nucleotid variant
Variation séquence avec substitution nucleotidique
DELINs
Deletion insertion
Variation structurale : deletion et insertion de moins de 50 nucleotides
CNV
Copy number variant
Variation nombre copies segment ADN de 50 à 3 millions nucleotides
HERV
Human endogeneous retrovirus
Vestige d’infection de retrovirale du gene humain inactif en tant que retrovirus
Nombre totale de gene du genome nucléaire
60000
% sequence répétée dispersée
50
Résolution du caryotype
5 à 10 Mb
Nombre de bandes chromosomique du caryotype
550
Nombre d’exon
500000
Decrire le WES (whole exome sequencing)
Génération des séquences (wet lab) - Fragmentation de l’ADN
- Préparation des librairies par capture (hybridation) des séquences d’intérêt : capture de tous les exons de tus les gènes, ainsi que de leurs séquences introniques flanquantes
- Amplificatin de la librairie
- Séquençage par synthèse avec des nucléotides fluorescents
Interprétation des données de séquençage à l’aide d’outils bioinformatique
Nombre de paires de bases sequencee avec WES
50 millions de paire de bases
Que veut dire variant perte de fonction
Un variant perte de fonction est un variant associé à :
- une protéine absente : ARN non synthétisé, ARN trop vite dégradé, ARN en quantité normale mais protéine instable
- une protéine présente dont l’abondance est diminuée
- une protéine présente dont l’abondance est normale mais dont l’activité est diminuée ou absente
Quels sont les principaux variants identifiés WES
SNVs et DELINS
Def WGS et principe ?
Whole genom sequencing
Séquençage de la totalité des séquences du génome et pas uniquement des régions codantes
Disomie uniparentale
Présence chez un individu d’une paire de chromosomes homologues issue d’un même parent
Pénétrance
Rapport entre les sujets exprimant le trait et les sujets porteurs du gène muté. Elle est comprise entre 0 et 1.
Kinetochore
Structure protéique tri lamellaire localisée au niveau des centromères de chacune des chromatides sur lequel se fixent les fibres du fuseau mitotique
Spindle Checkpoint
Checkpoints : mécanismes moléculaires mis en place pour vérifier que chaque étape de la mitose s’est bien déroulée. Si anomalies : arrêt du cycle cellulaire. Réparation ou apoptose. Spindle Checkpoint : S’assure que tous les chromosomes sont bien attachés au fuseau mitotique sur la plaque métaphasique
Hétéroplasmie
Coexistence de plusieurs populations d’ADN mitochondrial (différents par la séquence de leur ADN) dans une mitochondrie, dans une cellule, dans un tissu
ORF
Open reading frame
NAHR
Non allelic homologous recombination
LCR
Low copy repeats
LOH
Loss of heterozygosity
OMIM
Online mendelian inheritance in man
CGH
Comparative genomic hybridation
NGS
Next generation sequencing
Sequence consensus
Sequences nucleotidiq implique dans fonction semblables
Permet dialogue entre ARN et sequence + repete les introns et les enlève (epissage)
Sequence alu
séquence répétée dispersée du génome humain de type rétrotransposon appartenant
à la famille des SINES
ADN satellite
Sequence repetee en tandem du genome humain
LINEs
Long interspersed nuclear element
LncRNA
Lon non coding ribonucleic acid
Taille genome haploide en paire de base
3 milliard
Nombre de gene produisant arn non codant
23025
Qu’est ce qu’une carte genetique ?
La carte génétique est la représentation du génome sur laquelle sont placés des marqueurs génétiques polymorphes. L’unité de distance de la carte génétique est le cM
NHEJ
Non homologous end joining
DUP
Disomie uniparentale
GnomAD
Genom aggregation database
FISH
Fluorescent in situ hybridation
Gene paralogue
Gènes issus d’évènements de duplication au sein d’un génome. Un ou plusieurs paralogues peuvent subir des modifications de séquence, telles que leurs fonctions en deviennent différentes. Il peut également perdre sa fonction et devenir un pseudogène inactif
Expansion de triplet
Mécanisme moléculaire responsable du phénomène d’anticipation
Haploinsuffisance
Maladies transmises sur un mode dominant et associees a des variants pathogenes perte de fonction
Def maladie rare + caractéristiques
Maladie atteignant moins de 1/2000 prsn en france donc moins de 30000
4,5% pop france
Surtout enfant de moins de 5ans
Nombre de genes produisant des prot
20000
% seq répétée dispersée
50%
Nombre de genes produisant IncRNA
19000
Nombre de variations dans les exons
20000
Résolution caryotype
5-10 Mb
Genes exprimes dans tous les types cellulaires
Housekeeping genes
Nombre de gene codant prot
20000
Nombre de pseudogenes
15000
