Allmänt Flashcards
Enzymatisk katalys sker via olika katalytiska mekanismer. Ge exempel på sådana och beskriv kortfattat samverkan mellan enzym och substrat i dessa fall.
Det är när enzymer fungerar som katalysatorer och sänker aktiveringsenergin.
I det aktiva sätet sker kemiska reaktioner som leder till bildande av transitionstateoch slutligen produkt.
Reaktionsmekanismer:
- Kovalent katalys, en tillfällig kovalent bindning bildas mellan enzym och substrat, polära aminosyror.
- Allmän syra/bas katalys, enzymet fungerar som protonavgivare/protonupptagare, laddade aminosyror.
- Metalljon-katalys, en kofaktor deltar i redoxreaktioner, stabiliserar negativa laddningar mmReaktionen underlättas genom att substrat kommer nära varandra och orienteras i rätt riktning i förhållande till varandra.Katalys är känsligt för förändringar i pH, jonstyrka och temperatur.
Isoelektrisk fokusering
Proteinerna vandrar i ett spänningsfält, i en gel med en pH-gradient.
Proteinet vandrar mot anod (+) eller katod (-) beroende på dess laddning. Eftersom proteinet förflyttar sig i gelen så förändras det omgivande pH ́t.
Tvådimensionell elektrofores
Isoelektrisk fokusering kan kombineras med SDS-PAGE.Först görs en isoelektrisk fokusering.
Efter separation läggs gelremsan ovanpå (i 90ovinkel) en SDS-PAGE gel.
På det viset kan man få bättre upplösning så att enskilda polypeptidkedjor kan analyseras i ett prov bestående av många proteiner. Det är användbart inom proteomik= studier av alla proteiner och deras interaktioner med varandra i en hel cell/organism.
Gelfiltrerings-kromatografi
Vid gelfiltrering separeras provkomponenterna m a p storlek.
Den stationära fasen består av porösa kulor. Porstorleken varierar inom ett bestämt intervall som väljs efter provkomponenternas storlek.Prov-komponenter som är för stora för att ta sig in i kulorna elueras ut först och samtidigt. ”Störst går först”
Kan användas för:
•avsaltning, då kommer de stora molekylerna ut först, saltet sist
•separation av olika proteiner,
•molekylviktsbestämning, då måste alla proteiner passera genom kulorna
Om vi tänker oss en minimalistisk cell som innehåller så få strukturer som möjligt men som ändå kan växa och reproducera sig, vilka tre cellstrukturer anser du är helt nödvändiga denna.
Cellmembran - skiljer det som är i cellen från omgivningen. Låter det som ska transportera igenom att transportera och hindrar det andra.
Kromosom - innehåller dubbelsträngad DNA sträng som kan replikeras och då kan dellen dela på sig (reproducera sig).
Ribosom - Synes av protein
Cellmembran
Skiljer det som är i cellen från omgivningen. Låter det som ska transportera igenom att transportera och hindrar det andra.
Uppbyggda av lipider och proteiner.
Ett membrans viktigaste uppgift är att hindra vattenlösliga ämnen från att diffundera genom det.
Lipidskiktet fungerar som en kemisk barriär.
Ribosomer
- Syntes av proteiner, dvs binda aminosyror till proteiner
- Producerar mycket protein? -> Många ribosomer
- Inte en organell
- Alla celler har ribosomer
- Består av proteiner och RNA som tillsammans bildar två subenheterna som i sin tur bildar en fungerande ribosom
Vad finns det för typer av celler?
Det finns Prokaryota (före kärna) och Eukaryota (äkta kärna)
Prokaryota celler
- Mindre än Eukaryota
- Saknar inre membranomsluta utrymmen, organeller (små organ) och inre struktur.
- Relativt enkel struktur
- Bakterier och arkeer, oftast encelliga (ex. E. Coli)
- Skyddar mot farliga mikroorganismer men kan också ge sjukdomar.
Eukaryota celler
- Har membran som stänger in allt
- Alla andra celler förutom bakterier och arkeer, kan vara både encelliga (ex. jästsvamp) eller flercelliga (ex. djur och växter)
- Har organeller (små organ)
- Intracellulär
Prokaryotas cellstruktur
- Cellvägg ytterst
- Sedan cellmembran
- Arvsmassan ligger fritt i cytoplasman
- Ribosomer
- (saknar organeller och cellkärna)
- Plasmider (små cirkulära DNA-molekyler)
Eukaryotas cellstruktur
- Cellmembran
- Vissa saknar cellvägg (ex. djurcell) andra har (ex. växtcell)
- Organeller
- Valukol (växtcell)
- Cytoplasma
- Ribosomer
- Endosom
- Peroxisom
- Cytoskelett
Vad finns det för Organeller?
Cellkärnan Mitokondriern Kloroplaster (växtcell) Golgi Lysosom Endoplasmatiska retikulumet (ER)
Cellkärna
- Största organellen
- Dubbelmembran (kontinuerligt)
- Informationscenter
- Transport genom porer til och från kärnan.
Mitokondien
- Två membran, inre och yttre.
- Inre är mycket invagerad.
- Mellan finns intermembranutrymmet
- Här genomgår bränslemolekyler förbränning till koldioxid och vatten.
Cellvägg
- Djurcell saknar
- Växtcell har, gjord av polysackarider
- Alla prokaryota har cellvägg ytterst
- Skyddar
Kloroplasten
- Dubbelmembransbunden
- Finns endast i växtcellen
- Omvandling av solljus till kemisk energi (fotosyntes)
Golgi
- Består av flera tätt sammanpackade membranblåsor
- Här modifieras, sorteras och packas proteiner som kommer från ER.
- Kolhydrater tillsätts
- Transport från grova ER till Golgi.
ER
Endoplasmatiska retikulumet.
- En serie membransäckar
- Biokemiska reaktioner i säckarna eller på ytan
- Två typer: släta (ER eller SER) som är som hål och grova (ER eller RER) som är som skivor.
- Bearbetning av exergona (ursprung utanför cellen) kemikalier (ex. läkemedel) (SER)
- RER - highway
- Proteiner synteras på de grova ER
- Lumen - viks protein aha kapeloner.
Lysosom
- Brett spektrum av matsmältningsenzymer
- Smälter samman med endosomer
- Efter fusion -> smälter material -> frigör små molekyler -> kan anv som byggstenar eller bränsle
Peroxisom
- Innehåller nedbrytande enzymer
* Tar hand om ämnen som inte kan brytas ner nån annan stans.
Cytoskelett
- Utgörs av tre olika proteinfibrer:
aktinfilament, mikrotubili och intermediära filament. - Ger cellen form, stabilitet och rörelseförmåga samt bildar transportleder i cytosolen.
Kromosom
Innehåller dubbelsträngad DNA-sträng som kan replikeras och gör att cellen sen kan reproducera (dela) sig.
Vad finns det för bindningar mellan aminosyror och hur binds de?
- Vätebindningar:
Kräver en vätebindingsacceptator och en vätebindingsdonator.
Donator: H som är bundet till ex. O, N eller F.
Acceptator: elektronegativ atom med ett fritt e par ex. O, N eller F.
Karbonylgrupper är acceptatorer
Hydroxylgrupper kan vara båda
Aminogrupper kan vara båda
- Hydrofob interaktion:
När de endast består av C och H. Koppla ihop hydrofob med hydrofob - van der Waals:
hydrofil med hydrofil
dipol-dipolbindning
Nativ PAGE
Nativ PAGE körs utan detergent. Proteinerna behåller sin nativa struktur vilket gör att vandringshastigheten också är beroende av proteinets form.
Bindningarna mellan subenheter i ett protein påverkas endast i liten utsträckning vilket gör att ett protein med flera subenheter oftast vandrar som en enhet.För att komma ifrån formens betydelse för vandringshastigheten kan man denaturera proteinet med detergenten SDS, Na-dodecylsulfat, metoden kallas då SDS-PAGE.
Namnge och beskriv den bindning mellan aminosyror som resulterar i proteinets primärstruktur.
Mellan två aminosyror, där kopplas H3N ihop med COO från den andra. Detta kallas peptidbindning. De bildas H2O som biprodukt, dvs två H och ett O försvinner. Bindning mellan kväve och kol. Peptidbindingen kan va i trans eller i cis men är nästan alltid i trans.
Både C-O och C-N bindningarna har inslag av dubbelbindningen. Dessa är inte ridbana och kommer ligga i ett plan-amidplanet
Tala om vilken typ av kemisk bindning som stabiliserar proteinets sekundärstruktur. Ange också vilka delar av aminosyrorna som medverkar i dessa bindningar i det här fallet.
Sekundära strukturen stabiliseras av vätebindningar mellan aminosyrornas amino- och karboxylsyrabrupper som befinner sig i olika delar av ryggraden. Den kan förekomma som alfa-helix (spiral -vriden struktur stabiliserad av vätebindningar mellan aminosyror vars avstånd är ca 3-4 aminosyror) och beta-sträng (linjär sträng som stabiliseras av vätebindningar mellan parallella och antiparallella strängar).
Hur fungerar SDS-PAGE?
Separering med avseende på storlek. Gel med spänning över. Mindre molekyler vandrar längre och större molekyler vandrar kortare.
Tvådimensionell elektrofores
Isoelektrisk fokusering kan kombineras med SDS-PAGE. Först görs en isoelektrisk fokusering. Efter separation läggs gelremsan ovanpå (i 90°-vinkel) en SDS-PAGE gel. På det viset kan man få bättre upplösning så att enskilda polypeptidkedjor kan analyseras i ett prov bestående av många proteiner. Det är användbart inom proteomik= studier av alla proteiner och deras interaktioner med varandra i en hel cell/organism.
Kompetativ inhibitor
Iboprofen, Sulfanilamid, Antibiotika
Reversibel inhibitor
komparativ inhibitorer ex antibiotika
Den plats i enzymet dit substratet binds och där den katalytiska reaktionen sker?
Aktivt säte