a co mi tam Flashcards
APO-B
gen apolipoproteiny B (choroba wieńcowa)
APC
polipowatość jelita grubego (rak j. grubego)
CETP
gen białka transferowego estrów cholesterolu (choroba wieńcowa)
NAAT-2
gen acetylotransferazy 2 (rak płuca)
HPC-1,2,3
gen dziedzicznego raka prostaty
APO-E
gen apolipoproteiny E (choroba Alzheimera)
FAD3
gen rodzinnej postaci choroby Alzheimera
AGT
gen angiotensyny (nadciśnienie tętnicze)
kodony stop —
UAA
UAG
UGA
genomika to
dziedzina zajmująca się analizą funkcjonowania organizmu poprzez badanie struktury i współdziałania genów
ryzyko względne vs. ryzyko życiowe choroby
ryzyko względne - ryzyko wystąpienia w stosunku do populacji
ryzyko życiowe - ryzyko wystąpienia w ciągu całego życia
częstość występowania z. Downa
1:700 - 1:1000 (1:100 w wieku 40 lat)
Cri du chat to zaburzenie na jakim poziomie
delecja w obrębie 5p (ramie krótkie)
cytogenetyka kliniczna zajmuje się
badaniem pacjenta na poziomie chromosomu
genetyka medyczna zajmuje się
badanie pacjenta na poziomie genu
probant
zazwyczaj: pierwsza osoba z rodziny, u której wykryto chorobę
czasem: osoba zdrowa, która zgłosiła się do nas po poradę
cyfry rzymskie a arabskie w rodowodzie
cyfry rzymskie: pokolenie (I - najstarsze)
cyfry arabskie: liczba porządkowa osoby w danym pokoleniu
w rodowodzie poza graficznym przedstawieniem rodziny należy umieścić
- nazwisko osoby, od której zbieramy wywiad
- nazwisko lekarza zbierającego wywiad
- datę przeprowadzenia wywiadu
kwadrat i kółko w rodowodzie połączone:
a) linią kropkowaną
b) podwójną linią
a) związek pozamałżeński
b) małżeństwo osób spokrewnionych
polimorfizm
obecność danego allelu u co najmniej 1% populacji
allel
możliwe formy danego genu w tym samym locus
locus
położenie genu na chromosomie
najczęstsza przyczyna polimorfizmu to
SNP (substytucja pojedynczych nukleotydów)
cechy kodu genetycznego
- trójkowy
(kodon=triplet) - bezprzecinkowy
(nie ma pomiędzy kodonami zasad bez znaczenia
dla translacji w obrębie sekwencji kodującej) - niezachodzący
(kodony nie zachodzą na siebie) - kolinearny
(kolejność aminokwasów w produkcie jest taka
sama jak kolejność kodonów je kodujących w
mRNA) - zdegenerowany
(różne kodony mogą kodować ten sam
aminokwas, stą mutacje nieme) - jednoznaczny
(danej trójce nukleotydowej odpowiada tylko
jeden aminokwas) - uniwersalny
(dane kodony kodują u wszystkich organizmów
to samo - są niewielkie odstępstwa)
mutacja zmiany sensu to
substytucja powodująca powstanie innego aminokwasu
mutacja zmiany odczytu to:
delecja lub insercja powodująca przesunięcie całej ramki odczytu
mutacja nonsenowna to
mutacja powodująca powstanie w nieprawidłowym miejscu kodounu STOP (UAA, UGA, UAG)
mutacja gain of function występuje zazwyczaj w chorobach
dominujących
mutacja loss of function występuje zazwyczaj w chorobach
recesywnych
błąd replikacyjny powstaje raz na
10 miliardów (10^10) par zasad
jak wygląda naprawa mutacji po mutagenach
w większości niepoprawialne
choroby, gdzie zmutowane są geny odpowiedzialne za naprawdę DNA
- xeroderma pigmentosum
- anemia Fanconiego
- z. Blooma
- ataksja-teleangiektazja
choroby, które zależą od mutacji u ojca
1) neurofibromatoza I
2) z. Marfana
3) achondroplazja
4) hemofilia A (część przypadków; dziadek ze strony matki źródłem mutacji)
jaki procent mutacji stanowią mutacje nieme
25%
galaktozemia polega na mutacji
GALT (galaktozo-1-fosfo-urydylo-transferazy reakcja: galaktozo1-fosforan ->UDP-galaktoza)
allel Duarte GALT powoduje
zmniejszenie aktywności o 50%
allel Los Angeles GALT powoduje
wzrost aktywności do 140% (o 40%)
głównym enzymem hamowanym przez α1-antytrypsynę jest
elastaza neutrofilów
heterozygoty pod względem allelu α1-antytrypsyny o słabej aktywności są predysponowane do
- RZS
- “pewnych chorób płuc”
- astmy
polimorfizm VNTR to
polimorfizm powtórzeń tandemowych (variable number of tandem repeats), bada się enzymami restrykcyjnymi
sekwencje,w których częściej występują mutacje to
homologiczne i powtarzające się
najczęstszy typ mutacji człowieka i jej najczęstsze miejsce to
substytucja - mutacja w obrębie wysp CpG (zamiana metylowanej cytozyny na tymidynę - TpG)
jaka choroba ma często podłoże w mutacji wysp CpG
hemofilia A (46% mutacji jest w obrębie wysp CpG)
błędne parowanie w czasie crossing over w mechanizmie “poślizgu” skutkuje
krótki delecjami w obrębie powtarzających się sekwencji
kiedy często występują delecje jednego lub więcej nukleotydów
w ciągach jednonukleotydowych
jawna mutacja koneksyny 26 powoduje
niedosłuch
insercje występują częściej w sekwencjach
w ciągach jednonukleotydowych
retrotranspozycja to
przepisanie DNA na RNA, a następnie przepisanie wytworzonego cDNA na genomowy DNA i wstawienie go w postaci dużej insercji (np. w ciężkiej hemofilii A, w hemofilii B, w neurofibromatozie I)
z. Charcot-Marie-Tooth
duplikacja genu białka mieliny, co powoduje demielinizację i objawem jest np. zanik mm. dystalnych części kończyn
rodzinna hiperlipidemia to mutacja czego
lipazy lipoproteinowej
zespół przetrwałej hemoglobiny płodowej jest wynikiem
mutacji promotora łańcuchów gamma globin, powodującej zwiększoną ekspresję łańcuchów gamma
mutacje w intronach dwunukleotydów GT na początku i AG na końcu powodują
prawie zawsze przeskoczenie eksonu (przed czy po?) i zahamowanie składania mRNA
w mutacjach kończących najczęściej powstaje
kodon stop pod postacią TGA
mutacje kodonu start (ATG) mają swoje odzwierciedlenie w chorobach takich jak np.
- fenyloketonuria
- albinizm
- β-talasemia
mutacje genu β-globiny mogą spowodować
- β-talasemię
- anemię sierpowatą
- methemoglobinemię
heterogenność niealleliczna choroby to
zdolność różnych genów do wywoływania takiego samego obrazu klinicznego, np. barwnikowe zapalenie siatkówki
najczęstsza grupa chorób genetycznych (nie uwzględniając wieloczynnikowych) to
hemoglobinopatie
mutacje w genie którego łańcucha globiny najczęściej powodują chorobę
β, ponieważ w diploidalnym genomie istnieją tylko dwie kopie, a genu łańcucha α — 4
główne typy dziedzicznych mutacji hemoglobiny
- strukturalne (bez zaburzenia szybkości syntezy, polipeptyd globiny jest zmieniony)
a) przebiegające z hemolizą
• HbS (stan homozygotyczny tego allelu =
anemia sierpowata)
• HbC
b) z defektem transportu tlenu
• methemoglobinemie i hemoglobiny ze
zmienionym powinowactwem do tlenu
- HbM (Hb Hyde Park - reduktaza
hemoglobiny nie ma dostępu i
występuje methemoglobinemia)
- Hb Kempsey (za silne wiązanie tlenu i
nie oddawanie go na obwodzie ->
wtórnie policytemia)
c) mające fenotyp talasemii
• HbE
• Hb Lepore - talasemie (polega na spadku szybkości syntezy danego łańcucha, co skutkuje niezrównoważeniem stosunku łańcuchów globiny)
- niezmutowany łańcuch syntetyzowany jest w
nadmiarze i może strącać się w komórce
- niezmutowany łańcuch syntetyzowany jest w
- dziedziczne przetrwanie hemoglobiny płodowej
objawy anemii sierpowatej
- niedokrwistość
- splenomegalia
- bolesne obrzęki stóp i dłoni (zatkanie kapilarów)
- skłonność do infekcji
farmakogenetyka zajmuje się
badaniem genów kodujących reakcje metaboliczne powodujących określone reakcje na podawane naturalne/syntetyczne substancje
krzywa jednomodalna stężenia leku we krwi w populacji wskazuje na jaki związek z genetyką
wieloczynnikowa zależność reakcji na lek
krzywa dwu-/trzymodalna stężenia leku we krwi w populacji wskazuje na jaki związek z genetyką
enzym metabolizujący wykazuje polimorfizm
najczęstszy defekt enzymatyczny człowieka to
niedobór G6PD (sprzężony z X)
powolni acetylatorzy (homozygoty osłabionej arylamino-N-acetylotransferazy) są bardziej narażeni na… + diagnostyka tego niedoboru enzymu
- toczeń rumieniowaty po hydralazynie
- zaburzenia hematologiczne po hydrazydzie
diagnostyka:
- określenie wydalania metabolitu kofeiny (AFMU) z moczem
sekwencja palindromiczna to
sekwencja DNA odczytywana jednakowo z przeciwległych stron
najczęstsza przyczyna recesywnego niedosłuchu
mutacja genu koneksyny 26
DNA wędruje w elektroforezie w stronę
anody (grupy fosforanowe mają wilny ładunek ujemny)
DNA denaturuje się
wysoką temperaturą lub silną zasadą
renaturacja to
etap hybrydyzacji DNA, kiedy po denaturacji dwuniciowego DNA krótkoniciowa sonda przyłącza się do jednej z nici genomowego DNA
homodupleks vs. heterodupleks
- homodupleks to dwuniciowy fragment DNA, w którym jedna nić jest w pełni komplementarna z drugą
- heterodupleks to dwuniciowy fragment DNA, w którym w jednej z nici zaszła mutacja (jedna lub więcej) i konformacja przestrzenna została zmieniona
- mają różną prędkość poruszania się w elektroforezie
homologia molekularna to
podobieństwo jednego genu do innego
metoda dideoksy
metoda sekwencjonowania DNA - wbudowanie dinukleotydu powoduje zakończenie syntezy nici w tym miejscu, w którym byłby prawidłowy, dając informację co do położenia danego nukleotydu
metoda DGGE
metoda wykrywania mutacji, polegająca na tym, że czynnik denaturujący używany jest ze wzrastającą mocą i fragment z mutacją będzie się różnił czasem, w którym wystąpiła denaturacja
metoda SSCP
metoda wyszukiwania mutacji w jednoniciowym DNA, polegająca na tym, że zmutowany fragment będzie miał inną konformację, a więc inną prędkość poruszania się w żelu niedenaturującym
metoda Southern blot ma taką wadę, że m.in.
ma małą czułość
metoda ASO to
hybrydyzacja oligonukleotydów specyficznych dla alleli (wykrywanie alleli o znanych sekwencjach)
jaki procent mutacji zmienia miejsca restrykcyjne
5%
sonda w hybrydyzacji DNA powinna mieć długość
15-30 nukleotydów
krótsze znajdują inne sekwencje, a dłuższe mogą hybrydyzować pomimo mutacji
choroby, do których doprowadza mała liczba mutacji (mała heterogenność alleliczna) to
niedobór α1-antytrypsyny
anemia sierpowata
określenie dominujący i recesywny odnosi się do
fenotypu
złożony heterozygota to
osoba posiadająca dwa różne zmutowane allele w danym locus
przykład choroby o podłożu złożonej heterozygotyczności
β-talasemia (dwie różne mutacje łańcucha β globiny)
podwójny heterozygota to
osoba z dwoma różnymi allelami w różnych locus
przykłady chorób dominujących
- hipercholesterolemia
- polipowatość j. grubego
- neurofibromatoza I
- torbielowatość nerek (ADPKD)
- ch. Huntingtona
- dziedziczny niepolipowy rak jelita grubego
- z. Marfana
- achondroplazja (80% nowych mutacji, wzrost ryzyka ze wzrostem wieku ojca)
pionowy typ dziedziczenia jest charakterystyczny dla
chorób autosomalnych dominujących
dolichostenomelia to
smukłe kończyny, objaw z. Marfana
kryteria rozpoznania neurofibromatozy I
co najmniej 2 z poniższych:
1. co najmniej 6 plam cafè au lait >5 mm u dzieci, >15 mm u dorosłych
2. co najmniej 2 guzki Lischa (hamartoma siatkówki)
3. co najmniej 2 nerwiakowłókniaki lub 1 nerwiakowłókniak zwojowy
4. zmiany kostne: głównie stawy rzekome w obrębie piszczeli lub zmiany w obrębie kości klinowej
5. krewny I-stopnia z neurofibromatozą I
6. piegi w dołach pachowych/pachwinowych
7. glejak nerwu wzrokowego
(choroba wykazuje zmienną ekspresję, ale 100% penetrację)
choroba dominująca, która ujawnia się późno to np.
- torbielowatość nerek (śr. w 40 rż.)
- polipowatość jelita grubego (20 rż. - liczne polipy, 30-40 rż. - zmiany złośliwe)
- choroba Huntingtona (śr. w 35 rż.)
objawy torbielowatości nerek
objawy zwykle nie występują przed 40 rż.:
- powiększone nerki (liczne torbiele, niewykrywalne w USG do 20 rż.)
- postępująca niewydolność nerek
- krwinkomocz
- bóle brzucha
- nadciśnienie tętnicze
mutacja choroby Huntingtona polega na
ekspansji trinukleotydu CAG
poziome dziedziczenie cechy/choroby kest charakterstyczne dla cech
recesywnych
gangliozydoza GM2 to
choroba Taya-Sachsa
chorzy z mukowiscydozą są szczególnie podatni na zapalenie płuc o etiologii
- S. aureus
2. P. aeruginosa
stężenie chlorków w pocieowyżej jakiej wartości wskazuje na mukowiscydozę
> 50 mEq/l
hemizygota to
w przypadku ludzi: mężczyzna dla cech/chorób sprzężonych z X
choroba recesywna sprzężona z X, która stosunkowo często występuje u kobiet to
niedobór G6PD u Murzynek
krzywica hipofosfatemiczna oporna na wit. D - typ dziedziczenia
dominująca sprzężona z X
choroby wywołane mutacjami w mtDNA
- dziedziczna neuropatia nerwu wzrokowego Lebera
- padaczka miokliniczna z poszarpanymi czerwonymi włóknami
- choroba Leigha
- ototoksyczność aminoglikozydów
i inne
heteroplazmia to
obecność mieszaniny zmutowanych i prawidłowych mitochondriów w komórce
jaka jest częstość mutacji w mtDNA w porównaniu z genomowym DNA
10x większa — mtDNA mutuje 10x częściej (m.in. przez brak mechanizmów naprawczych)
zaburzenie w wyniku którego powstaje całkowicie androgenetyczny twór to
zaśniad groniasty
zaburzenie, w wyniku którego powstaje całkowicie gynogenetyczny twór to
potworniak
zespół Prader-Williego — objawy
(zespół dysmorficzny charakteryzujący się)
- hipotonia
- hipogonadyzm
- otyłość
- upośledzenie umysłowe