1° Semana Flashcards
Quais bases são purícas e quais bases são piramidinas
C T e U são pirâmidinas
A e G são púricas
O que significa ser uma base purina ou pirâmidina
Adenina e guanina são purinas, o que significa que suas estruturas
contém dois anéis de carbono-nitrogênio unidos. Citosina e timina, em
contraste, são pirimidinas e têm um único anel de carbono-nitrogênio.
Diferença entre açucar da desoxirribose e da ribose
O segundo carbono da ribose se liga a um grupo hidroxila enquanto o carbono equivalente da desoxirribose a apenas um hidrogênio
Na estrutura de um nucleotídeo qual carbono se liga no que
O carbono 1’ se liga na pentose e o 5’ no grupo fosfato
Como funciona a ligação entre nucleotídeos
Os nucleotídeos podem ter um único grupo fosfato, ou uma cadeia de
até três grupos fosfato, ligados ao carbono 5’ do açúcar.
Em uma célula, um nucleotídeo prestes a ser adicionado ao final de uma
cadeia de polinucleotídeos estará ligado a uma série de três grupos
fosfato. Quando o nucleotídeo se junta a cadeia crescente de DNA ou
RNA, perde dois grupos fosfato. Portanto, em uma cadeia de DNA ou RNA, cada nucleotídeo tem apenas um grupo fosfato.
Como é feita as ligações entre os nucleotídeos e como elas são chamadas?
As ligações são feitas quando o grupo fosfato encontrado no carbono 5’ de um nucleotídeo de junta com o grupo hidroxila do carbono 3 de outro do nucleotídeo já presente na cadeia, essa ligação é chamada de ligação fosfodiéster
O que fica localizado na parte externa na dupla hélice do DNA e o que se localiza na parte interna?
O fosfato e o açúcar se localizam na parte externa, o que muitas vezes é chamado de esqueleto de açúcar fosfato, formando o arabouço DNA, já a parte interna é formada por bases nitrogenadas ligadas por pontes de hidrogênio .
As RNA polimerase precisam de um iniciador?
Não, ao contrário das DNA polimerases, as RNA polimerases não necessitam de um códon iniciador
Diferença funcional entre DNA polimerase e RNA polimerase
As RNA polimerases catalisam a transcrição do DNA em RNA, já as DNA polimerases a replicação do DNA
Para que serve a técnica PCR (reação em cadeia polimerase)
A reação em cadeia da polimerase é uma técnica rotineira de laboratório, para fazer muitas cópias de uma região específica de DNA in vitro, de modo que possa ser analisada ou utilizada de alguma outra maneira.
Como funciona a técnica PCR?
Assim como no organismo, para a replicação de DNA in vitro também é necessária uma enzima DNA POLIMERASE, a utilizada na técnica PCR é chamada de TAQ polimerase, nessa técnica a alta temperatura é utilizada repetidamente para desnaturar o DNA.Dois primers são usados para cada reação PCR, eles são projetados de modo que englobem a região de interesse, dadas as extremidades, os primers se ligam ao molde por pareamento de bases complementares., depois que ligados, eles são estendidos pela polimerase.
Etapas PCR mais detalhadas
1)Desnaturação (96°C)-Aquece as fitas para separa-las
2)Anelamento-Resfria a reação para que primers possam ligar-se às suas sequências complementares no DNA molde de fita simples
3)Extensão-Eleva a temperatura da reação para que a Taq polimerase estenda os primers, sintetizando novas fitas de DNA
O crescimento das fitas de DNA nesse processo é exponencial
Qual é o nome da técnica para os resultados da PCR serem vistos?
Eletroforese em gel
No que consiste a técnica da eletroforese em gel?
Os fragmentos de DNA são puxados por uma corrente, através de uma matriz de gel, que separa os fragmentos de DNA por tamanho , fragmentos de DNA de mesmo tamanho formam uma “banda” no gel
-Como o DNA é microscópico muitas cópias tem que estar presentes pera ser visto a olho nu e manipulado.
Aplicações da PCR
A PCR pode ser visualizada or eletroforese, enviado para o sequenciamento, digerido por enzimas de restrição e clonado em um plasmídeo.
-Amplificar genes associados a desordens genéticas
-Testar se há DNA bacteriano ou viral no corpo do paciente
Onde se inicia a replicação do DNA?
A replicação se inicia em regiões específicas?, nas quais determinadas proteínas se ligam para abrir a dupla hélice desse ácido nucleíco, esses locais geralmente apresentam
1)Um sitío de ligação para uma grande proteína de iniciação com subunidades chamada ORC (complexo de reconhecimento de origem)
2)Uma sequência de DNA ricas em A’s e T’s
3)Pelo menos um sítio de ligação para as proteínas que facilitam a ligação da ORC (a ORC é a proteína que indica onde a replicação deve começar, recrutando outras proteínas)
Quais são as proteínas envolvidas no complexo de pré replicação?
As proteínas envolvidas são a
->proteína ORC (complexo de reconhecimento de origem);
->Proteína RAP(Ativadora da replicação)
->RLF’s (fatores liberadores de reaplicação)
->Pré RC + proteínas + proteínas quinases
Exemplo:Ciclina+proteínas quinasse dependentes de ciclo a (CDK) ativam a reaplicação, fosforilam os componentes do pré RC (dissociam);Bloqueiam a formação de novo pré RC
Funcionamento do complexo pré replicativo
Fase G1,
1)As helicases replicativas são colocadas no DNA, próximas ao ORC, junto a duas proteínas inibidoras de helicases, a cdc6 e a cdtl, criando o complexo pré replicativo
2)Fase S
As proteínas cinase especializadas se juntam ao complexo, dissociam as proteínas inibidoras e ativam as helicases , o que resulta na abertura do complexo e permite a montagem das demais proteína como DNA polimerase
->Proteínas cinases promovem a replicação do DNA e simultaneamente impedem a formação de novos complexos replicativos, até a fase M, quando todo ciclo é reiniciado.
Qual o principal objetivo do complexo pré reaplicativo que consegue ser atingido e qual é uma consequência disso?
O ORC é fosforilado e é produzido um complexo incapaz de interagir com novas hélicases.Isso faz com que haja apenas uma janela de oportunidade para criação de novos complexos replicativos (G1) e ia segunda janela pra sua ativação e subsequente dissociação).Assim, cada origem de replicação é ativada uma vez a cada ciclo celular.
Enzimas importantes para a replicação
Helicase.-Separa as fitas complementares do DNA que servirão de molde
Primase-Enzima que monta algumas sequências da fita filha
DNA polimerase-enzima que monta a fita filha, só lê do sentido 5’ pro 3’, logo, não consegue montar simultaneamente as duas fitas filhas.
Exonuclease-Tira os primers inseridos pela primasse e substitui pela polimerização definitiva
Reparo do DNA
Antes de adição de um nucleotídeo à cadeia, a conformação da DNA polimerase precisa sofrer uma alteração e quando a base nucleotidica é incorreta, essa conformação não se altera.Logo a enzima tem duas chances de reparação, quando ela se liga a base complementar da fita molde e quando ela tenta se ligar covalentemente à cadeia crescente
Correção extra nucleotídica
Nos casos em que a base incorreta consegue se ligar a base complementar
Funcionamento da correção exonucleotidica
Sentido 3’-5’ remove qualquer nucleotídeo mal pareado, até que um número suficiente tenha sido removido e daí regenerar a extremidade 3’OH corretamente pateada e capaz de iniciar a síntese de DNA->Esse é um mecanismo de autocorreção enquanto a DNA polimerase se desloca pelo DNA
DNA primase
Sintetiza os primers, responsáveis por iniciar a replicação na fita líder e dar origem a cada segmento de okasaki
