ביולוגיה ל התא Flashcards
גנים אורתולוגיים
גנים הומולגיים בשני יצורים שונים.
גנים פרלוגיים
גנים הומולוגיים, דומים זה לזה באותו האורגניזם. נוצר כתוצאה מהכפלת גנים ומוטציות
האפלואיד
סט כרומוזומים אחד. לא מסוג לבצע רביה מינית
דיפלואיד
שני סטים של כרומוזומים. מאפשר לקיים רביה מינית.
מרכיבי ה DNA
יחידת סוכר (אלדופנטוז), בסיס חנקני, קבוצת פוספט שמחוברת לחמש של הסוכר
נוקלאוטיד A
אדנין, פורינים, מתחבר לאי או ליו
נוקלאוטיד G
גואנין, פורינים, מתחבר לסי
נוקלאוטיד T
תימין, פירמידינים, מתחבר לאיי
נוקלאוטיד C
ציטוזין, פירמידינים, מתחבר לג׳י
נוקלאוטיד U
אורציל, פירמידינים, מתחבר לאיי
פורינים
אי וג׳י
פירמידינים
טי, סי, יו
נוקלאוזיד
אלדופנטוס עם בסיס חנקני
נוקלאז
אנזים שמזרז פירוק דיאןאיי
מודל ווטסון קריק
הדיאןדיי הוא סליל כפול של נוקלאוטידים.
הסלילים הם anti-parallel
השלד הוא הסוכר, הפוספט פונה החוצה, החנקן פונה פנימה.
קשרי מימן בין הגדילים.
חוקי שרגף
אחוז האדנין והתימין זהים אחוז הגאונין והציטוזין זהים.
המודל הקונסרבטיבי
הסליל מוכפל ליצירת חדש לגמרי
המודל הסמי קונסרבטיבי
הסליל מתחלק ועל כל גדיל נוצר גדיל חדש וככה יש שני סלילים
מזלסון וסטאל
הוכיחו את המודל הסמי קונסרבטיבי
ORI
origin of replication
נקודת ההתחלה של הכפלת הדיאןאיי. ביצורים מורכבים יש מספר נקודות כאלה בגנום.
helicase
מתחבר לORI ופותח את הסליל בשביל תחילת ההכפלה
מזלגות הכפלה
נוצרים בעקבות ההליקאז.
ארתור קורנברג
מצא את DNA Polymerase 1
מגבלות הdna polymerase
- לא יודע להתחיל שרשרת אלא רק להמשיך קיימת.
- עובד מ-5 ל-3.
חייב גדיל קיים כדי לסנתז על בסיסו. - זקוק לאבן הבניין ולאנרגיה שבתוכה
primase
מתחיל סנתוז של גדיל dna חדש על ידי מולקולות rna
dna polymerase 3
ממשיך לסנתז דיאןאיי על בסיס ההתחלה של הprime.
leading strand
הגדיל בהכפלת הדיאןאיי בו מסנתזים ברצף, הגדיל הוא 3 ל-5 לכןאפשר לסנתז עליו מ5 ל-3
מקטעי אוקזקי
המקטעים של הlagging strand
lagging strand
הגדיל שעושים עליו מקטעי אוקזקי - הפרימאז קופץ אחורה, מסנתז קצת, קופץ עוד אחורה, מסנתז קצת, והדיאןאיי פולימראז 3 נכנס בין לבין ומסנתז עד לפרימאז הבא
dna polymerase 1
הסרת rna של הprimase והחלפתם בdna
ligase
מחבר קוולנטית שני קטעי שרשרת באותו גדיל (הכפלת דיאןאיי)
topoisomerase
קומפלקס גדול שלוחק חלק בהכפלת הדיאןאיי, ומטרתו היא להקל על הלחץ שנוצר מפתיחת סליל הדיאןדיי.
נמצא סמוך ללולאה, חותך את הגדילים, מחזיק אותם, ומחבר כשעוברים לקטע הבא.
ssb
קבוצת חלבונים שנקשרת לכל גדיל פתוח בעת ההכפלה כדי למנוע את המשיכה שלהם זה לזה בחזרה.
נוקלאוזום
קומפלקס של היסטונים שסביבם מתעטף הדיאןאיי.
כרומטין
דיאןדיי יחד עם חלבון (היסטונים)
90 אחוז מהrna בתא
rRNA
גדיל הsense
הגדיל בדיאןדיי שמכיל את האינפורמציה ליצירת החלבונים.
גדיל הantisense
הגדיל המשלים לגדיל הsense. לא מכיל את האינפורמציה לחלבון. על בסיסו מתעתקים
ORF
open reading frame
מסגרת הקריאה והתרגום של הדיאןאיי לאראןאיי. תחום בקודון התחלה וסיום.
promoter region
שם נמצאת האינפורמציה שאומרת איפה לשבת ולהתחיל לתעתק.
rna polymerase 1
מייצר rRNA
rna polymerase 2
מייצר mRNA
rna polymerase 3
מייצר tRNA
tata box
חלק הפרומוטר המרכזי והמפורסם ביותר. רצף נוקלאוטידים של תימין, אדנין, תימין, אדנין, שבצירוף עם אלמנטים נוספים בסביבה מכוונים את המשטח עליו עובד האראןאיי פולימראז. משתמש באנזימים:
TBP, TFIID, TFIIB, TFIIE, TFIIH. בסדר הזה
תהליכי התבגרות של pre mRNA
- cleavage (קצירה) וpolyadenlation - הוספה של אדנינים (מלא A) בקצה 3
- capping ב5
- splicing - מורידים אינטרונים ומוציאים אקסונים
AAUAA
רצף שאומר לאנדונוקלאז איפה לעשות cleavage בקצה ה3׳. חותך 11-30 בסיסים ימינה.
אנדונוקלאז
האנזים שאחראי על cleavage של הקצה ה3׳ בתעתוק.
7 מתיל גואנוזין
עושה capping ל-5׳ בתעתוק. קורה עוד לפני שנגמר התעתוק.
splicing
הסרת אינטרונים וחיבור האקסונים. אפשר לעשות מגוון של splicing
ריצ׳רד ג׳יי רוברטס ופיליפ שארפ
אפיינו את תהליך הsplicing
פוליזומים
קבוצות של ריבוזומים, נמצאים בrough ER
תתי היחידות של הריבוזום
- יחידה גדולה, 50S, מורכבת מחלבונים ומrRNA
- יחידה קטנה, 30S
סך הכל 70S
הלולאות במולקולת הtRNA
שלוש לולאות + לולאה וריאבילית.
הלולאה הוריאבילית בtRNA
לולאה שמשתנה ממולקולה אחת לאחרת וקובעת איזו חומצה אמינית תיקשר למולקולה (ואז תבנה את החלבון), בתיאום עם האנטי קודון שבתחתית.
anti codon
שלושה בסיסים בתחתית מולקולת הtRNA שמהווים השלמה לשלושה בסיסים בmRNA, וככה מולקולת tRNA יודעת לאן להתחבר בmRNA בתהליך התרגום.
tRNA סינתתז
אנזים שמחבר חומצה אמינית למולקולת tRNA
אמינו אציל tRNA
tRNA שמחוברת אליו חומצה אמינית
AUG
start codon עיקרי. לא כל פעם שהוא מופיע זה סטארט קודון, אבל בשיטוף עם אלמנטים נוספים. מקודד למתיונין ביוקריוטיים ולפורמלי מתיונין בפרוקריוטיים.
5’UTR
הקצה שלפני ה5 של קודון ההתחלה שלא מתורגם
3’UTR
הקצה שאחרי ה3 של הקודון סיום שלא מתורגם
Shine Delgarno
רצף של GGAGG, נמצא כמה בסיסים לפני קודון ההתחלה, ובעל אפיניות לרכיבי rRNA שבתת היחידה הקטנה של הריבוזום.
Capping
על קצה ה5׳ בmRNA, מכוון את הmRNA לפוליזומים ומאתר את תת היחידה הקטנה של הריבוזום.
מתי מגיעה תת היחידה הגדולה של הריבוזום?
אחרי רצף הקונצנזוס (שיין-דלגארנו), ואחרי שtRNA עם מתיונין התחבר לקודון ההתחלה.
אתר P
האתר האמצעי בתת היחידה הגדולה של הריבוזום
אתר A
האתר הראשון בתת היחידה הגדולה. הtRNA המתאים מגיע ונכנס אליה, ואז החומצות האמיניות שבאתר P מתחברות קוולנטית לחומצה האמינית שעל הtRNA שבאתר A ומתנתקות מהtRNA שבאתר P.
אתר E
אתר היציאה מהריבוזום.
stop codon
רצף בסיסים שאין להם tRNA UAG, UAA, UGA
UAA
stop codon
UAG
stop codon
UGA
stop codon
silent mutation
שינוי בקודון שלא הביא לשינוי בחומצה אמינית.
המוטציה הכי סבירה.
missense mutation
מוטציה בגן שהביאה להחלפת חומצה אמינית אחת באחרת.
מוטציה יותר דרמטית מsilent, פחות דרמטית מnonsense
nonsense mutation
מוטציה בגן שהביאה לקודון עצירה באמצע החלבון.
מוטציה יותר דרמטית מmissense
frame shift mutation
המוטציה הכי דרמטית. הוספה או הוצאה של בסיס אחד או יותא, דבר שמשנה את מסגרת הקריאה. אם לדוגמא יצאו בדיוק שלושה בסיסים סמוכים אז כביכול לא תהיה בעיה גדולה מידי אלא רק תהיה חסרה חומצה אמינית אחת.
house keeping genes
חלבונים שרמתם נשארת קבועה לאורך כל החיים של האורגניזם (מבחינת שיווי משקל של פירוק-סנתוז)
protein accumulation
סנתוז חלבונים יותר מהפירוק שלהם - עליה בריכוז החלבון
protein reduction
פירוק חלבונים יותר מהסנתוז שלהם - ירידה בריכוז החלבון
מה הדרך העדיפה להוריד את ריכוז החלבון?
פשוט לא לייצר את החלבון
איפה עיקר הבקרה על ריכוז החלבון
בתעתוק, ולא בתרגום
הph בתוך הליזוזום
בערך 5
למה יש משאבת פרוטונים בליזוזום
כדי לשמור על רמת ph נמוכה יותר מהסביבה