Trascrizione generale e procariotica

Question 1

quale è il meccanismo generale di trascrizione?

Answer 1

una molecola di DNA viene copiata parzialmente in RNA grazie a RNA polimerasi che scorre lungo il filamento dopo essersi legata ad un sito di inizio detto promotore. la direzione di sintesi è sempre 5’3’ e si arriva fino ad un sito di terminazione

Question 2

in cosa consiste il tratto ibrido di DNA e RNA nel processo di trascrizione?

Answer 2

consiste in un tratto che va di pari passo con la RNA polimerasi in cui coesistono il filamento stampo di DNA e il suo complementare in RNA

Question 3

quale è il ruolo del promotore nella trascrizione?

Answer 3

ha il ruolo di determinare quale è il filamento stampo e fare da sito di ancoraggio della RNA polimerasi. Il promotore indica dove iniziare la trascrizione, quale filamento leggere e la direzione da prendere

Question 4

in cosa consiste il filamento codificante o senso e in cosa il filamento antisenso?

Answer 4

il filamento senso è il filamento che viene trascritto il filamento antisenso o codificante è quello che non viene trascritto complementare al DNA stampo

Question 5

come è diviso un gene?

Answer 5

in regione trascritta che va dal sito di inizio al sito di terminazione della trascrizione, in regione promotoriale dove si lega la RNA polimerasi e ci possono essere regioni regolatorie che servono a regolare la trascrizione. Le regioni a monte sono dette upstream mentre quelle a vale downstream

Question 6

lo stesso gene può essere trascritto da più polimerasi?

Answer 6

si, alcune RNA polimerasi lavorano simultaneamente sullo stesso gene finché il promotore è acceso e garantisce un aspetto ad albero di natale

Question 7

quali sono le differenze in linea generale tra la trascrizione nei procarioti e la trascrizione negli eucarioti

Answer 7

nei procarioti l’RNA messaggero non presenta introni, ci sono RNA messaggeri policistronici che contengono geni che codificano per più proteine disposti in serie. infine’Rna messaggero può essere tradotto simultaneamente alla trascrizione negli eucarioti ci sono introni, ci sono modificazioni post tradizionali come capping e tailing

Question 8

come è strutturata la RNA polimerasi?

Answer 8

è caratterizzata da un canale di entrata per i ribonucleotidi, un canale di uscita per l’RNA trascritto e la sua attività dipende dal legame con uno o più fattori di inizio, e successivamente di allungamento per finire con fattori di terminazione

Question 9

quante RNA Polimerasi ci sono nei procarioti e negli eucarioti?

Answer 9

nei procarioti ce ne è una soltanto che trascrive qualsiasi tipo di filamento di RNA, negli eucarioti invece vi è la RNA polimerasi I, II e III ciascuna delle quali sintetizza RNA specifici

Question 10

come è strutturata la RNA polimerasi procariotica?

Answer 10

ha una subunitá sigma che si associa solo per fare avvenire la trascrizione e si dissocia in fase di allungamento ha una subunitá alfa che riconosce l’elemento UP del promotore e permette l’ancoraggio della RNA Polimerasi ha subunitá beta e beta primo che formano una struttura a pinza per l’attività catalitica dell’ enzima

Question 11

cosa si intende per inizio abortivo nella trascrizione procariotica?

Answer 11

è un periodo che segue l’entrata del primo nucleotide trifosfato e consiste nella formazione di sequenze brevi di RNA che servono per il tempo che impiega il fattore sigma a distaccarsi e iniziare la trascrizione. potrebbero anche avere un ruolo nella trascrizione genica

Question 12

in cosa consiste il segnale di inizio trascrizione procariotica?

Answer 12

il promotore ha una sequenza conservata a -10 chiamata pribnow box e una sequenza conservata in -35 chiamata esamero -35. il tratto che viene aperto è in +1

Question 13

in cosa consiste la fase di allungamento procariotica nella trascrizione?

Answer 13

il punto in cui si apre la doppia elica è chiamato bolla di trascrizione di circa 15 nucleotidi e il tratto ibrido è di circa 9 nucleotidi. la RNA Polimerasi in fase di trascrizione occupa uno spazio di circa 35 basi. quando la RNA polimerasi si lega vi è una piegatura del DNA che serve per la lettura delle basi stampo. ci sono poi una serie di fattori di allungamento, e nel caso ci fosse un appaiamento errato, l’RNA polimerasi riesce a tornare indietro grazie ai fattori gre A/B

Question 14

in cosa consiste la fase di terminazione della trascrizione procariotica Rho-indipendente?

Answer 14

ci sono segnali di terminazione che destabilizzano il complesso RNA polimerasi-DNA. questo è dovuto spesso ad una sequenza palindromica lungo il filamento stampo che provoca nell’ RNA trascritto una struttura a forcina che induce il distaccamento

Question 15

in cosa consiste la fas le di terminazione della trascrizione procariotica Rho-dipendente ?

Answer 15

sono richiesti fattori Rho che si legano all’RNA e cambia la sua conformazione. il distacco è dovuto all’ attività ATP asica. il fattore Rho si lega ad uno specifico sito rut nella sequenza di RNA

Question 16

cosa si intende con trascrizione costitutiva nei procarioti?

Answer 16

i geni espressi a livello costitutivo sono quelli sempre espressi e quindi servono per codificare per proteine deputate a processi di base. di conseguenza i promotori sono sempre accesi

Question 17

cosa si intende con trascrizione regolata nei procarioti?

Answer 17

i geni vengono trascritti solo quando serve e a seconda delle necessità e dell’ ambiente di si basa sul fatto che il promotore può avere diverse varianti prodotte solo quando servono

Question 18

quali sono le due varianti più comuni di fattore sigma nei procarioti?

Answer 18

sigma 32 che viene prodotta in caso di shock termico e riconosce i promotori dei geni codificanti per HSP, reclutando quindi una polimerasi per la trascrizione sigma 54 che viene prodotta per la fissazione dell’ azoto e attiva geni per le proteine coinvolte

Question 19

che meccanismo viene adoperato per la regolazione di geni policistronici nei procarioti?

Answer 19

gli operoni, che sono formati da regione da trascrivere, promotore, operatore e gene regolatore. quest’ ultimo produce una proteina regolatrice che si lega all’operatore che si lega all’ operatore attivandolo o inibendolo, e di conseguenza permettendo o non permettendo la trascrizione dei geni

Question 20

su cosa si basa l’operone LAC?

Answer 20

contiene 4 geni nella regione trascritta: LAC Z, LAC A, LAC Y e LAC I che codificano per degli enzimi del lattosio. secondo un meccanismo di regolazione negativa inducibile: in presenza di glucosio la cellula non ha bisogno di trascrivere enzimi per il lattosio e io gene regolatore produce un repressore dell’ operatore, impedendo alla Rna polimerasi di legarsi e trascrivere. invece in assenza di glucosio il repressore non viene prodotto e la RNA polimerasi procede con il trascrivere i geni codificanti per enzimi che producono lattosio

Question 21

in cosa consiste l’operone TRP?

Answer 21

si basa sul fatto che in presenza di triptofano non viene attivata la sintesi di enzimi per produrlo, codificati da geni nella regione trascritta. quindi il triptofano si lega al repressore attivandolo, che si lega all’ operatore impedendo la trascrizione. invece in assenza di triptofano, il repressore è inattivo e viene promossa la trascrizione dei geni

Question 22

perché non è tanto grave quanto nella replicazione un errore nella trascrizione?

Answer 22

perché un trascritto primario può essere sempre degradato, così per una proteina tradotta a partire da un trascritto errato, e soprattutto un gene viene trascritto più volte, nella replicazione invece l’errore persiste se si trova sulla sequenza del DNA

Question 23

per cosa codificano i geni LAC Z, LAC A, LAC Y e LAC I?

Answer 23

Rispettivamente beta galattosidasi, transacetilasi, betta galattoside permeasi e repressore

Question 24

in cosa consiste il proofreading pirofosforolitico?

Answer 24

consiste in un meccanismo di correzione di errori dove la RNA polimerasi aggiunge un pirofosfato sul nucleotide errato e comporta la sua sostituzionr

Question 25

in cosa consiste il proofreading idrolitico?

Answer 25

consiste in un meccanismo di correzione degli errori dove la RNA polimerasi torna indietro grazie ai fattori gre e corregge un nucleotide errato per poter continuare la trascrizione