transcription Flashcards
que génère la transcription
un polymère de ribonucléotide synthétisé par ARN polymérase
sens de la synthèse de l’ARN polymérase
de 5 vers 3
Que synthétise l’ARN polymérase
copie complémentaire du brin matrice (lu de 3 vers 5)
différence entre la séquence de l’ARN et ADN codant
ribonucléotide au lieu de déxosyribonucléotides
U au lieu de T
pourquoi l’ARN a une structure secondaire et tertiaire?
à cause des interactions entre ses bases
pseudoknot
appariement de bases entre 2 régions simple-brin de boucles
étapes de la transcription
déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par ARN polymérase
reformation de la double hélice en arrière de l’ARN polymérase
courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement
caractéristiques des ARN polymérases
- synthétise l’ARN en copiant un brin matrice d’ADN
- transcrit de 5 vers 3 (brin matrice de l’ADN doit être lu de 3 a 5)
- ne nécessite pas d’amorcce
- transcription n’a pas à être aussi précise que la réplication d’ADN puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit
- crée des liens phophodiester entre nucléotides et son site actif
séquence d’ADN qui signale l’initiation
promoteur
séquence d’ADN qui signale la terminaison
terminateur
rôle du facteur sigma
s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription
ou est relaché le facteur sigma
quelques 10 nucléotides après l’initiation de la transcription
ou est recrutée l’ARN polymérase
au niveau du promoteur avec le facteur sigma
séquence consensus/séquence canonique concept
ordre calculé des nucléotides ou aa trouvés à chaque position dans un alignement de séquences
représente les résultats d’alignements de séquences multiples dans lesquels des séquences apparentées sont comparés les unes aux autres
% des motifs de sequences similaires ainsi calculés pour chaque position
Sigma
facteur (prot) nécessaire à l’initiation de la transcription qui permet la séléction du promoteur du gène à transcrire.
pls sigma chez procaryote
le facteur sigma chez les procaryotes
s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription avant de se lier au promoteur
les facteurs sigma bactériens reconnaissent une paire de cours motifs conservés:
boites -10 et -35 à cause de leur distance du site d’initiation de la transcription
position de séquence consensus (boites -10 et -35) dicte quoi
brin à utiliser et sens de la transcription
comment est obtenu la séquence consensus des promoteurs procaryote
séquence idéal obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chq position
plus la séquence est … à la séquence consensus (idéale) plus grande sera …. et plus grande sera ….
plus la séquence est SIMILAIRE à la séquence consensus (idéale) plus grande sera L’AFFINITÉ DU FACTEUR SIGMA et plus grande sera L’EFFICACITÉ D’INITIATION LA TRANSCRITPTION= PROMOTEUR PLUS FORT
point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation et transcription
séquence TATAAT (-10) située environ 10 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription
que possèdent typiquement les procaryotes
plusieurs facteurs sigmas, chacun ayant sa propre spécificité de séquence
qui est responsable de la reconnaissance de la séq promotrice sur l’ADN chez les procaryote
facteurs sigma, tous intéragissant avec l’ARN polymérase, ayant chacun sa propre spécificité de séquence
étapes chez les procarytes du complexe d’initiation de la transcription
- facteur sigma s’associe à l’ARN polymérase avant la transcription, ce complexe ira se fixer sur le promoteur.
- contacy de l’ARN polymérase avec promoteur entraine ouverture locale de la double hélice de l’ADN= bulle de transcription
- Initiation de la synthèse d’ARN à 50 ribonucléotides/sec
4-5. relachement du facteur sigma après synthèse d’une chaine de +/- 10 ribonucléotides ET élongation - rencontre du signal de terminaison: forme que prend ARN grace aux appariements locaux (intramoléculaires). ARN sous cette forme=indique à ARN polymérase qu’elle doit être relachée.
- ARN poly se détache, libérant ARN
ARN poly peut aller trouver un facteur sigma pour enclencher une nouvelle transcription
qu’est ce qui fait l’arrêt de la transcription chez les procaryotes
ARN poly relâchée de l’ADN au niveau d’un signal de terminaison
que se trouve à l’extrémité 3 de l’ARN néosynthétisée des procaryotes
signal de terminaison de la transciption encodée par l’ADN
qu’est ce qui favorise le détachement de l’ARN poly chez les procaryotes
séquence ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation d’une tige-boucle (hairpin) qui cr.e une contrainte au niveau du complexe d’ARN poly
séquence en tige-boucle des procaryotes est constitué de:
riche en G-C et suivi d’une série de U
cause la term de la transcription chez les procaryotes
les cells eucaryotes utilisent cmb d’ARN poly
3
ARNm
codent pour prot (ARN poly II)
ARNr
composent ribosome (ARN poly I)
ARNt
servent d’Adaptateur lors de la synthèse protéique (ARN poly III)
petits ARN
utilisés dans diff processus cellulaires (ARN polymérase III)
boite TATA
boite TATA située environ 25 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription sert de point de repère pour assemblage du complexe d’initiation de la trajnscription
facteurs généraux de la transcription reconnaissent et se lient à la sequence de la TATA box pour:
former le complexe d’initiation de la transcription avec ARN poly II
facteurs généraix de la transcription GTF reconnaissent et se lient au séquences :
conservées des promoteurs eucaryotes d’ARN pol I
aussi appelé Basal transcription FactorsT
TBP subunit
1
recognizes TATA box
TAF subunits
11
recognizes other DNA sequences near the transcription start point, regulates DNA binding by TBP
TFIIB
1
recognizes BRE element in promoters, accurately positions RNA poly at the start site of transcription
TFIIF
3
stabilizes RNA poly interactions with TBP and TFIIB, helps attract TFIIE and TFIIH
TFIIE
2
attractes and regulates TFIIH
TFIIH
9
unwinds DNA at the transcription start point, phosphorylates Ser5 of the RNA poly CTD, releases RNA poly from promoter
seq séquences d’ADN conservées (promoteur eucaryote typique) du promoteur basal
à -80 pb la CAAT Box et à -100 pb la GC Box
et augm son efficacité
seq CAAT box et GC box impliqué dans:
régulation de la transcription des gènes
seq CAAT box er GC box liées par:
facteurs généraux de la transcritpion GTF et par facteurs (prot) activateurs spécifique
à quoi se lie les facteurs spécifiques d’activation
séquence enhancer
à quoi se lie les facteurs spécifiques de répression
séquence silencer
ou se trouvent enhancers et silencers
peuvent se trouver à des miliers des pb en amont et/ou aval du promoteur
ARN poly se fixe au niveau des promoteurs mais…?
fixé à la boite TATA que via transcription factors et ne reconnait pas le promoteur directement
facteurs généraux de transcription qui associent d’abord à l’ADN du promoteur
TFIID et TFIIB
permettent à ARN poly II de se lier
reconnaissance de la boite TATA (-25) par
TFIID (complexe contenant TBP. TATA binding protein)
recrutement de TFIIB par?
TFIID qui est lié à l’ADN
complexe d’initiation de transcription eucaryote
poly + facteurs généraux de transcription
TFIIH cause:
séparation des 2 brins de l’ADN (ouverture locale, fonction hélicase)
TFIIH effectue une phosphorylation de:
la queue C-term de l’ARN poly
que cause la phosphoryl de la queue C-term de l’ARN poly par la kinase TFIIG
libération des autres facteurs de transcription TFIIB, TFIIE, TFIIF et TFIIH
==signal de départ pour L’ARN poly pour commencer la transcription et élongation d’ARN
phosphorylation de l’ARN poly II entraine:
libération des facteurs de transcription (TFIIB, TFIIE, TFIIF et TFIIH) pour qu’elle puisse commencer élong de la chaine d’ARN
début de la synthèse d’ARN commence lorsque
tous les facteurs TFIIB, TFIIE, TFIIF er TFIIH libérés
TFIID avec TBP pas libérés:
continuent dans le processus d’élongation
terminaison chez les eucaryotes :
couplée à polyadénylation
terminateur des eucaryotes est une séquence dans le pré-ARNm transcrit qui est aussi signal de polyadénylation: AAUAAA
pré-ARN, clivé et polyadénylé
polyméérase se détacher
régulation stricte de l’abondance de l’ARN assuré par:
ARN constamment synthétisé et dégradé
abondance de l’ARN régulée au niveau de:
- initiation de la synthèse (transcription)
- régulation au niveau de sa dégrédation
dans le cyto des eucaryotes, la demi-vie des ARNm est de:
qlq minutes à qlq heures
demi vie de la plupart des ARNm chez les cell humaines
4.8min
adaptation de la cell aux conditions implique:
changements des patrons d’expression des gènes et certains sont induits et d’autres réprimés.
efficacité de la transcritpion détermine:
la qnt d’ARN produit et a un impact sur la qnt de prot traduite
taux de transcription détermine
le niveau de ARNm et cmb de prot sera synthétisée
taux de transcription d’un gène est régulé à quel niveau
niveau de l’initiation
par la séquence du promoteur et facteurs de transcription spécifique que s’y attachent
vitesse d’élongation varie cmt
tjr la même
prot se liant aux seq de régulation qui facilitent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la polymérase sur le promoteur
activateurs de transcription
facteurs répresseurs
empêchent l’assemblage des facteurs généraux de transcription et de la poly sur promoteur.
