Syrabasjämnvikter (Per Jemth) dag 2

Question 1

Vad bildar ett ß-sheet?

Answer 1

Två eller fler ß-stränger bildar ett ß-sheet

Question 2

Vad är tertiärstruktur?

Answer 2

alla atomers position i förhållande till varandra. Proteinets struktur

Question 3

Vad är kvartärstruktur

Answer 3

Ett protein kan bestå av flera subenheter, flera polypeptidkedjor (där var och en har en N-terminal och en C-terminal).

Många proteiner består av flera subenheter och detta benämns kvartärstruktur. Ett ex. är hemoglobin som består av fyra subenheter

Question 4

Vad är kvartärstruktur

Answer 4

Ett protein kan bestå av flera subenheter, flera polypeptidkedjor (där var och en har en N-terminal och en C-terminal).

Många proteiner består av flera subenheter och detta benämns kvartärstruktur. Ett ex. är hemoglobin som består av fyra subenheter (4 olika polypeptider som var och en veckas till enskilda strukturer)

Question 5

vart finns de flesta hydrofoba/polära sidokedjorna i ett protein?

Answer 5

I ett protein finns de flesta hydrofoba sidokedjorna

i det inre, i kärnan, medan de flesta polära sidokedjorna är på ytan.

Question 6

vart finns de flesta hydrofoba/polära sidokedjorna i ett protein?

Answer 6

I ett protein finns de flesta hydrofoba sidokedjorna
i det inre, i kärnan, medan de flesta polära sidokedjorna är på ytan.

hydrofoba sidokedjor bildar en kärna (core) vilket driver veckningen (ger energin till veckning).

Question 7

vad bestämmer hur ett protein veckar sig?

Answer 7

sekvensen av aminosyror (primärstrukturen) bestämmer hur ett protein veckar sig.

Hydrofoba effekten och hydrofoba interaktioner gör att proteiner kan veckas till globulära strukturer.

Question 8

vad sker när ett ägg kokas?

förklara denaturering

Answer 8

vi denaturerar ett protein

Proteiner kan denatureras (veckas upp) med hög temperatur, lågt pH, eller denaturanter som urea och guanidinium-HCl (röda pilar i PP sida 42). Om de förs tillbaka till icke-denaturerande betingelser veckas ofta proteindomäner tillbaka till sin nativa struktur.

Question 9

Vad gör chaperoner?

Answer 9

förhindrar felveckning

veckningsprocessen är spontan och bestäms av sekvensen, men chaperoner hjälper till ifall något går snett.

Question 10

Förklara motiv och domän

fråga kmr ej på tenta, men det är bra att veta och förstå vad dessa är

Answer 10

Motiv: kan vara del av en eller flera domäner, ofta kopplad till funktion. En del av ett protein där det händer något särskilt, som där den binder Ca2+ t.ex

Domän: Polypeptiden bildar flera kompakta delar, så kallade domäner. En väl definerad del av proteinet som ser ut att kunna vecka sig oberonde av andra proteiner.
En del av proteinet som (kanske) kan vecka sig oberoende av resten av proteinet. motivet i antikroppen.

Ett sätt att definiera en domän är att den
kan veckas som en enhet utan resten av proteinet.

Question 11

Vad är Intrinsically disordered proteins?

Answer 11

proteiner eller delar av proteiner som inte veckas till en väldefinierad struktur.

Question 12

Vad är de vanligaste posttransationella modifieringarna?

4st

Answer 12

glykosylering
fosforylering
hydroxylering
acetylering

Question 13

Vad gör fosforylering?

Answer 13

Fosforyleringar ökar eller minskar affiniteten för andra proteiner, kan fungera som av eller på-knapp.

t.ex p53 innehåller många fosforyleringsställen, flera ligger i de oordnade domänerna.