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3. Bioinformatik > Sequencing Technology > Flashcards

Sequencing Technology Flashcards

1
Q

Wie heisst der Marktführer für das next generation sequencing?

A

Illumina

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2
Q

Wie heisst ein mobiles Sequenzanalyse Gerät?

Wie funktioniert es?

A

Minlon (oxford NanoTechnologies)

Mit Poren

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3
Q

Was sind CONTIGS?

A

Große, lange Regionen von DNA Sequenzen

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4
Q

Was ist De Bruijn?

A
  • Anordnungsmethode für DNA Sequenzen

- Viele keine Graphen

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5
Q

Was ist die Dot-Matrix Methode?

Was sind window/size, step und match/treshold?

A

Die Methode aus dem zweiten Praktikum, Punkt machen wenn Sequenz gleiche Basen hat

  • window/size ist die Anzahl der betrachteten Basen
  • step sind die Schritte die ich die “size” verschiebe
  • match/treshold ist die Anzahl die erreicht sein muss um einen Dot zu setzen
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6
Q

Im Bezug auf den Alignment Score:

Wie berechne ich den “nicht-affinen Score” und wie den “affinen Score”?

A

nicht affine:
match = 4
mismatch= -3
gap= -4

affine:
first Gap gibt mehr Minuspunkte
match= 4
mismatch= -3
gap opening= -8
gap= -4
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7
Q

Was ist der Unterschied zwischen einem Global und einem Local Alignment?

A

Optimal Global =
Sequenzen werden von Anfang bis Ende agereiht

Optimal Local =
Sequenzen sind in mehreren Isolierten Formen angeordnet

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8
Q

Was ist dynamic programming?

A

Eine Methode in der man ein komplexes Problem in kleinere Probleme unterteilt und die Ergebnisse speichert

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9
Q

Was gibt die PAM-Matrix an?

Welchen Bereich hat sie?

A

Wie viel % sich 2 Aminosäurestränge ähneln

0=100% bis 250=20%

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10
Q

Was ist der Unterschied zwischen PAM und BLOSUM?

A

PAM behält ähnliche Sequenzen

BLOSUM löscht ähnliche => mehr Übersicht

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11
Q

Was ist der Standard Treshhold von BLOSUM? Ab wann löscht es ähnliche Sequenzen?

A

Ab 62% Übereinstimmung

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12
Q

Wann wird der BLOSUM Wert positiv?

Wann negativ?

A

Wenn die Base die ersetzt, einen ähnlichen Typ hat wie die Ersetzte

Negativ wenn sie ein anderer Basentyp ist

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13
Q

Was ist die Empfehlung für das scoring in BLOSUM?

A

match 10
mismatch -3
gap opening -50
gap extension -5

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14
Q

Welches BLOSUM nutzt man generell?
Welches bei starken Unterschieden?
Welches bei kleinen Unterschieden?

A

BLOSUM 62

BLOSUM 30

BLOSUM 80

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15
Q

Was sind query, subject und hit in Bezug auf die Database search?

A

query= beobachtete Sequenz

subject= in Database gefundene ähnliche Sequenz

hit= Die Übereinstimmung der beiden Sequenzen

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16
Q

Was ist BLAST?

Wie funktioniert es?

A

Basic Local Alignment Search Tool

  1. Das query wird in überlappende Sequenzen aufgeteilt
  2. Die Database wird durchsucht nach Matches einer bestimmten Größe/Anzahl
  3. Die Matches in die größte Anreihung bringen (x dropoff value = Ende)
  4. Local dynamic programming alignment am maximum scoring pair (MSP)
17
Q

Wofür braucht man die Karlin-Altschul Gleichung?

A

Um die Signifikanz von in BLAST auszurechnen

18
Q

Wie nutzt man in der Bologie das HHM hidden Markov Model?

A

Zum Generieren von Sequenz Profilen, Analyse von Sequenz Kompositionen und um Proteinstrukturen vorherzusagen oder Gene zu lokalisieren

19
Q

Was sind Markov-Chains?

A

Systeme die davon ausgehen, dass die Wahscheinlichkeit für einen Zustandswechsel immer gleich ist
Auch keine Veränderung ist dabei ein Zustandswechsel.

20
Q

Wie errechne ich die Möglichkeiten in einem Markov-Modell? (FOrmel)

A

4hoch Anzahl der Ordnung +1

1 Ordnung zb. 4hoch2 = 16 Möglichkeiten

21
Q

Was ist GLIMMER und welche Faktoren berücksichtigt es?

A

Gen-Findungs-Programm für Prokaryonten

Es nutzt:
Start
Stop
Sequenz Zusammensetzung 
Markov Model
22
Q

Was ist GENSCAN und was macht es?

A

Ein Gen Identifizierungs Programm

Sucht nach funktionellen Einheiten in eukaryotischen Zellen und nutzt dabei beide DNA Stränge

23
Q

Warum ist Anylyse anhand von Promotoren so schwer?

A

Zu viel Varianz

24
Q

Was ist CISTER?

A

Findet mit Hilfe des Markov Models cis-Element Cluster

3. Bioinformatik (5 decks)

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