Secuenciación Flashcards
2 parámetros para evaluar la especificidad
-cobertura (que tanto cubren los fragmentos al de referencia
-profundidad (cuantas veces se evalúa el = fragmento)
como funciona el ion torrent
same shit as pirosecuenciacion pero con liberación de H+
-sin luz se lee cambio de pH
Como se hace SOLEXA
- se replican los genes en los puentes
-se replican con ddNTP con luz
-se hacen 2 lecturas
-llamado de bases: se alinean con la secuencia original para ver si están bien
por que se hacen los puentes en SOLEXA
el gen puede ser afín a +1 adaptador
después del hacer libreras, en donde se ponen los genes (SOLEXA)
flow cells
SOLEXA también se conoce como
PCR en puente/ cluster PCR
como funciona pirosecuenciacion
-aíslas genes
-fragmentas genes
-ligas genes a adaptadores en una mico molécula rodeada por gota de emulsion (librería)
-amplificas
-cuando se llena la micromolecula se rompe la emulsion
-se replican en plaquetas y van los flúoroforos
como se activa el fluroforo en la pirosecuenciacion
con liberación de piro-P
con que se marcan los ddNTP de la pirosecuenciacion
con fluroforos
los genes que se usan en pirosecuenciacion son de
200-400pb
son las NGS
-pirosecuenciacion
-SOLEXA
-ion torrent
técnicas de 1era secuenciación
sanger
modificación que se le hicieron a SANGER
-de placas de gel a electroferograma
-analizan 96 genes diferentes al mismo tiempo
-genes de 30 000-60 000 nt
de sangre a bio (foco)
en que consiste el método sanger
1- ponía genes a replicarse muchas veces en 4 tubitos con
-polímeros
-ddNTP normal y sangre
(cada tubito tiene un nt diferente marcado)
2- cada que se uniera un ddNTP sangre separaba la replicacion
3-en la cámara de electroforesis iban viendo la secuencia dependiendo del tamaño de los fragmentos
4- lo anotaba
como eran los fragmentos que utilizaba sanger
-de 50-300 nt
-cadena sencilla
