Presentación 5 Flashcards
El Instituto Nacional del Cáncer de EUA define a un recurso de muestras biológicas como
Colección de muestras humanas y datos asociados con fines de investigación, entidad física donde se almacena la colección y todos os procesos políticas relevantes
Tipos de preguntas antes de la recolección de las muestras
- Cuáles son los objetivos
- Análisis de laboratorio
- Tipo de muestras
- Cuántos especímenes
- Volumen o tamaño
- Almacén
- Protocoles de recolección
Puntos en los que debe de estar enfocado todo el proceso
- Diseño del protocolo
- Análisis
Tipos de muestras más allá de las biopsias son
- Sangre
- Semen
- Orina
- Saliva
En los últimos años se han desarrollado métodos de análisis en base a
Saliva
La recolección de muestras de sangre debe de ser realizada por …… entrenados para evitar causar molestias o comprometer la calidad y cantidad de la muestra
Flebotomistas
Sistema con tubos de plástico o vidrio intercambiables para recolectar sangre
Sistema de Becon-Dickenson Vacutainer
Se refiere al factor de minimizar el tiempo entre la recolección y estabilización y procesamiento demuestras de tejido
Sincronización
El mejor enfoque es…
Recolectar
Estabilizar (congelar o fijar)
Y procesar lo más rápido posible
En los especímenes de autopsias es importante…
Conocer el intervalo de tiempo entre la muerte y la recolección y el procesamiento de la muestra
Con células bocales exfoliadas, es una excelente fuente de ADN para estudios
La saliva
Verdadero o Falso
La auto-recolección de células bucales es un método seguro y conveniente que se puede usar para reducir el costo y recolección de muestras y es preferible por parte de los pacientes
Verdadero
Factor que nos dice que las muestras se procesan de acuerdo con el diseño del estudio y los métodos más apropiados para preservar los analíticos de interés
Procesamiento de muestras
De la sangre se pueden obtener separación en fracciones por ejemplo….
Plasma, capa leucocitaria, glóbulos rojos.
El método de procesamiento utilizado para las muestras de sangre depende de…
Los análisis de laboratorio que se realicen
Es una forma rentable de preservar los linfocitos viables para la recuperación posterior del ADN o para que la transformación del virus Epstein-Barr cree líneas celulares linfoblastoides como fuente de cantidades ilimitadas de ADN
Crioconservación
Las células bucales recogidas utilizando el protocolo de enjuague bucal se procesan mediante
Centrifugación de suspensión celular
- Resuspensión de un tampón
- Procesan/congelan para su uso fututo
Para la extracción de ADN generalmente se considera la extracción con…
Fenolcloroformo
Pero otros métodos estándar que son más eficientes, menos costosos y que utilizan menos toxicos proporcionan rendimeintos y AND similares de peso molecular similar
Las técnicas para medir la calidad y la cantidd de AND varían desde…
- Absorbancia
- Métodos fluorescencia
- PCR en tiempo real
Es una medida aproximada de la pureza de DNA y la contaminación de proteínas
Relación A260/A280
Los métodos adicionales para medir la calidad del DNA incluyen
Electroforesis en gel
Verdadero o Falso
El ARN es más estable que el AND y es más fácil de extraer intacto
Falso
El ARN es menos estable porque es solo 1 cadena y por ende es más difícil de extraer intacto
Es sensible a la degradación de nucleasas
Permiten el depósito de miles de puntos conteniendo genes o parte de genes sobre un portaobjetos para su estudio en paralelo
Micromatirces o microarreglos
Microarreys: pequeño/distribución ordenada
Principal fuente de ácidos nucleicos
Saliva
La metodología clásica utilizada para la detección y cuantificación de mRNA presente en una célula es el análisis por
Northern blot
Donde una sonda radioactiva en solución se une con un RNAm inmovilizado en un soporte.
Southern blot
ADN
En ensayos (PCR) el principio fundamental es la
Hibridización
Que se basa en complementariedad de las bases pero su debilidad es la detección
Gracias a los micro arreglos podemos….
Tener una visión instantánea de actividad de genomas completos o de u grupo selecto de genes, en lugar de hacer gen por gen
Tipos de aspectos a considerar para microarreglos
- Genes que se expresan en ciertos tejidos
- Genes expresados en diferentes estímulos
- Patrones de expresión
Procesamiento preciso en un soporte sólido de elementos que funcionen como detectores moleculares en altas densidades
Concepto básico en microarreys
Para poder clasificar los microarreys debemos dejar claro que se entiende por…..
Target (blanco) y que se define como probe (sonda)
El blanco es molécula libre y la sonda inmovilizada.
Son porciones de DNA sintético de cadena simple que pueden ser cortas (15-25 nucleótidos) o largas (50-120)
Las sondas
Verdadero o Falso
Los microarrey por oligonucleótidos son muy baratos
Verdadero
En el Miroarrey de proteínas las sondas son
Anticuerpos fijados a portaobjetos de vidrio y los blancos son muestras de suero o tejido
Restricción de microarrey por…
Dificultad de fabricar a inmovilizar estructuras 3-D como son las proteínas y detectar interacciones de proteínas plegadas.
Mantener la forma de los anticuerpos y mantenerlo en el análisis
FOTOS
En los microarreys el principio fundamental es la
Hibridización de ácidos nucleicos y detección por fluorescencia
Los niveles de detección has aumentado significativamente mostrando en tiempo real la duplicación exacta del material inicial en la reacción de PCR por incorporación de fluoróforos a la doble cadena reciente
RT-PCR
La palabra microarrey significa
Pequeña distribución ordenada
Permiten tener un visión instantánea de actividades de genomas completos o de grupo selecto de genes
Microarreys
Fragmentos que pueden ser presintetizados y depositados en portaobjetos por robots o sintetizados insitu y depositados por ink jet o fotolitografía
Microarreys de oligonucleótidos
Las sondas de este estudio son anticuerpos fijados portaobjetos de vidrio y los blancos son muestras de suero o tejidos.
Microarreys de proteínas
