NGS Flashcards
Tipos de secuenciacion segun su generacion
-sanger: surge en los 70, se secuencia con ddntps, es costosa y es limita la longitud de la secuencia que puede producirse
-NGS: usa tecnologias como illumina (sec por sintesis). permite secuenciacion masiva y paralela de millones de fragmentos, menos tiempo
-nanopore y pacbio. Nanopore: se lee la secuencia de adn cuando pasa por nanoporos, secuencia fragmentos de adn muy largos. PacBio: detecta la actividad de la olimerasa durante la sintesis de adn
que material de partida puede ser secuenciado?
Del ADN genomico
-Genoma: todo el genoma incluyendo secuencias no codificantes, es mucho y dificil encontrar una variante
-Exoma: solo exones, contiene el 85% de las variantes implicadas en patologias
-Panel: se secuencia un grupo de genes en específico
También puede secuenciarse ARN total, se secuencia el transcriptoma
una vez obtenidas secuencias cortas (reads) que se hace)
Se ensamblan y alinean los fragmentos para armar la secuencia y se compara con el genoma de referencia.
como se hace el filtrado de variantes?
Del total de variantes q hay en el genoma (alrededor de 100 mil) se prosigue con las variantes en regiones codificantes ya que son mas estudiadas y luego se eligen las causantes de patologias asociadas al cuadro medico del paciente.
Con ese grupo de variantes asociadas al cuadro clinico se filtra por metodos bioinformaticos.
Ej se pasa d eun archivo vcf con todas las variantes del individuo asociadas a la enfermedad y se envian a excel, donde se filtra para quedarse con variantes en regiones codificantes, generadoras de missense, poco frecuentes y catalogadas como patogenicas o seguramente patogenicas.
Una vez obtenido, resalto alguno y comparo con el efecto de ese gen descripto en OMIM
en que paginas puedo chequear que la variante genere los sintomas que veo?
OMIM
como se define la clasificacion de variantes segun su patogenicidad?
guías ACMG-AMP dan distintos criterios con puntos para definir si una variante es patogenica o no, dependiendo de distintos factores. Una variante puede ser benigna, probablemente benigna, patogenica, probablemente patogenica o VUS
que significa que una variante sea una VUS?
son variantes de significado incierto. todavia no esta del todo investigada a variante por lo que no se sabe si es o no patogenica
que es un gen de significado incierto?
es una variante en genes que todavia no estan asociados con un fenotipo, pero las variantes son altamente patogenicas
a que se refiere con profundidad en ngs?
es el numero de veces que una posicion nucleotidica fue leida
a que se refiere con cobertura en ngs?
es el porcentaje de una region target que es representada por una o mas lecturas
que significa off target en ngs?
son regiones del genoma representados por una o mas lecturas, que no pertenecen al objeto de estudio, son inespecificas
a que se refiere con especificidad en ngs?
es el porcentaje de lecturas que mapean en regiones target del estudio, es el porcentaje total de lecturas que no corresponden a off targets.
en que pagina se puede encontrar si una variante esta descripta en literatura medica?
PubMed
que pagina se utiliza como database de variantes?
ClinVar
