Module 6 Flashcards
Quelle est la définition d’une population
Groupe d’individus vivant en proximité suffisante pour que tous les individus au sein de tels groupes aient une égale probabilité de rencontre pour se reproduire (reproduction aléatoire)
Qu’est ce que la structure génétique des populations
Facon dont la variation génétique est distribuée au sein d’une espèce. Selon intesnité des différentes forces évo agisaant sur les individus composant cette dernière
Qu’est ce que le panmixia
donne un
exemple
Ensemble espèce = 1 popu
Exemple : les anguilles d’Amériques.
Est il possible qu’il n’y est pas de sreuctuation génétique dans une espèce ?
Oui, les espèces panmixia. (anguille d’amérique)
Complique un potentiel de dispersion faibel sur la structure génétique d’une espèce ?
Structre génétique très marquée, population très différencié
Sur uqoi focus on dans l’étude de structure génétique de population
Enteraction entre dérive et migration
Moins mutation car long terme
Que sont les facteurs démographiques ayan tun lien avec l’écologie et l’évolution
Population Size Population Density Populaiton connectivity Fiteness moyen Variation Génétique
Quel est l’effet de la dérive génétique sur la consanguinité et la différence entre populaiton
Augmente consanguinité et différence entre populations
Vrai ou faux ;
Les mutations réduisent les consanguinité dans les mutations
vrai
Quel es tl’effet de la migration
Homogénéise les fréquences alléliques entre populations (maintient diversité génétique)
Qu’est ce qui infleunce l’homogénisation
Taux migration
Plus faible, prend plus de temps
Que sont les modlèes de structuration de populations pour expliquer les processus génétiques
- Iles-continent
- île
- Pas à pas
Quelle modele de structuration on utilise pour comprendre comment le rapport de force entre dérive géné est associées à Ne et migration
expliquez ce modèle
Modele Ile
Modele en ile ;
toute popu on meme Ne, taille efficace
Toute popu echangent entre elles migrant avec taux m
chacune popu dérive avec la meme intensité
- Ensemble de population de taille effective identiques et stables
- Échange d’alléles (taux migration) est identiques et stable entre chaque popu
Expliquez le modele ile continent
1 popu continent qui a une proportion de migrants qui vont s’en aller
vers des population + petite que la popu continent. TAUX de mutaiton de iles vers
continent bcp plus négligable
Expliquez le modele pas à pas
Dif du modele en Ile;
En terme de structure spatiale; popu aquatique le long d,une cote
Meme Ne mais echnage gene, migrant avec popu adjacente
Cettte popu aura migrant n qui ira avec la voisine
Quelle est la formule du Fst:
1/4Nem+1
Qu,est ce que le Fst
Ampleur de différenciation génétique (entre 0 et 1 )
Comment le fst varie avec la génération
Augmente, d’autant plus si Ne bas
Quelle est l’effet du fst dans une popu avec Ne bas
F st élevé
Comment varie le fst avec nombre de migrant
Peu de migran efficace par génération : valeur de fst génétique très grande
Si 1 on chute
+ de migrant = fst + bas
Que signifie un M de 0.1
10% des individus qui migrent par GÉNÉRATION
Que signifie un Fst de 0.
Population se ressemblent
Qu’est ce que le Nem
Nem = mesure de flex génique et s’exprime en nombre de migrants effects par génération
= nombre de migrant efficace par gene
Avec un Nem de 0.25, quel est le fst &
0.5
Pour des individus où il y apeu de barière de migration et dispersion élevé, à quel Nem on devrait s”attendre et à quel Fest
Nem grand
et Fst très petit
Pour des individus anadrome à quel Nem on devrait s”attendre et à quel Fest
Intermediaire ( fst = 0.10, 0,20)
Pour des individu où dispersion restreinte , à quel Nem on devrait s”attendre et à quel Fest
fest + que 0.50
Comment peut on mesurer le Fst ( sans la formule)
avec marqueur
De quoi résulte le type de migration pas à pas
Résultent en isolement par la distance, le degré de divergence entre population augmente de façon linéaire en fonction de leur éloignement géographique
Quelle est la formule du Fst si on prend la mutation n en compte ?
QUe sont les trois points qu’on assume
1/4Nem+4Neu+1
1-on assume que le modèle en Ile s’applique
2-On assume un taux de migration constant et égal entre population s
3- On assume que l’état d’équilibre “migration-mutation-Dérive” est atteint.
Le ne représente le Ne total des populations ou la moyenne
Moyenne
Dans le moyenne en iles les ne sont ils pareils
Oui. Mais on ne sait que c’est pas le cas, ce pourquoi on fait la moyenne
Dans quel modèle on parle d,un équilibre
Le modèle en ile
Fst en fctn du nombre de migrants (Nem)
Dans le calcul du fst , pourquoi on fait sauter le taux de mutation souvent
Il est négligeable par rapport au taux de migration
Dans quelle situation le taux de mutation n’est pas négligeable
Si microsatellite, car taux de mutation très élevé
Qu’est ce que structure génétique des populations
Façon dont la variation génétique est répartie au sein d’une espèce, selon l’intensité des forces évolutives agissant sur les individus composant les populations
Que sont les 4 objectifs de l’étude de la structure génétique
1- Définir combien de populations génétiquement distinctes composent une espèce
2-Établir la répartition géographique de ces populations
3- Quantifier le degré de variation génétique au sein de chaque population
4-Quantifier l’ampleur de la différenciation entre les populations, de même que leur degré de connectivité
Que sont les étapes d’anlayse de la population génétique
1-Diversité génétique intra-population
2) Hypothèse nulle de non différenciaiton
On compare statistiquement les fréquences alléliques entre population deux à deux (khi2 )
3- Ampleur de la différenciation
Que sont les 3 types de marqueurs utilisés pour voir les différences de dfversité intra popu
SNP, microstal, ADN mt
Quand on fait les étdes inter popu, qu ereprésente Ho ?
He ?
Ho: hétérozygoyie observé
He : hété attendue
Peut ont étudier l’hétérozygotie pour un ADNmt
Non, ce sera la diversité de l’Haplotype
Dans l’étude intra popu ; quelle variabel on retrouve
Pour SNp et microstal \: Nombre allèles par loces hetero observée (Ho) Hetero attendue (He) ( 2pq
Qu’est ce qu’un allèle rare
allèle privé
frequence inférieur à 0.05
1 seule popu
Quelle est l’Évidence première de L’existence de population distinctes
Hétérogénité dans la distribution des fréquences alléliques entre échantillons
Quel est le point de départ pour conclure quelle échantillon correspond aux popu distinctes
hypothèse nulle de non différenciation : population simulaire donc panmictique
Comme appe;;es ont des populations pareilles
Panmictiques
Quand on veut conclure quelle échantillon correspond aux popu distinctes, quel test on fait
Qu’est il important à prendre en compte
Analyse chi1 ou test exact de Fisher
Si pb que fréquence alléliques observées entre échantillons est homogène et <0.05
Quand on fait observation multiple, il faut faire une correction
Comme comparaison de plusieur sloci il faut corigger baisse valeur de probabilité à laquelle on rejette Ho, pour garder seuil
Quelle est l’une des conséquences importante de la sutrcutre de populations
Réduire la proportion des génotypes hétérozygotes dans l’ensemble des systemes structurés relativement à la proportion attendue
Comment on calcule le He global
he moyen
Pour deux popu: moyenne de A et moyenne de a
2pq avec ces données
Moyenne des 2^pq des population
Selon wright, à quoi est lié la rduction d’hétérozygotie due à la structure des population
lié à la réduction en hétérozygotes causées par la consanguinité
Quel est l’effet de la taille des populations sur l’effet de la structuration génétique
Grand= moins isolé des autres popu ( nem) = moins effet consangui = - effet dif
Que sont les différents niveau hiérachiques de structuration
1-Intérieur de la population
2- Subpopulation sur totalité
Dans un systeme ou la structure des population est hierachrqiue, que retrouvons nous
Effet apparent de la consanguinité à chaque niveau hiérarchique comme mesure du degré de structuration génétique.
QU’est ce que l’indice de fixation ? à quoi est il égale
Mesure du degré de structuration génétique à chaque niveau hiérachique
He-Ho/He
Qu’est ce que le Fis
Comment le calculer
Comment interpéter
1 er niveau hierachriche ( dans la popu)
Mesure ampleur de de l’écart équilibre de Hardy weinburf
On test sur chaque locus et sur ensemble de locus. Si Ho dif que attend = pas à l’équilibre
Fis = 0
alors He=H0 et donc conformité HW
Fis =1 si H0=0
Quelle est la formule de L,équilibre de hardy weinberg
p2+2pq+ q2
Que signifie un Fis de 0
Alors He=Ho = conformité Hardy
Pourquoi un Fis serait non nulle ? et donc non conforme à HW
-Auto fécondation
(Ho plus petit que He= déficit hétéro)
- reproduction entre population plus ou moins apparentés qu’attendus par le hasard
-PLUS COMMUNE
Échantillon récolté appartient à popu génétiquement disctintes = déficit hétéro
Dans les statistique de Wright comment calculer le fst
Ht-Moyenne de HS /Ht où
et 1 /4Nem+1
Ht : hétérozygotie attendu e sous la prémisse de reproduction aléatoire dan sun système
On ne considère pas structure de différentes populations.
Moyenne de Hs : Hs = hetero attendue dans chaque population individuelleent et on fait moyenne = He
Que mesure le FST
Ampleur de l,effet de consanguinité sur la totalité du systeme causé par la structuration en population
quantifie ampleur divergence populationelle sous l’action des différentes forces évolutives
Comment calculer le nombre de migrant par génération
Nm = (1-Fst)/4 Fst
On calcule le FST avec Ht-Hs/Ht
Comment on calcule Ht et Hs
Ht : 2pq globale
2xmoyenne locus1 x moyenne locus 2
Hs : 2pq pour chaque population, puis moyenne
Donc on fait deux Pq pour chaque popu
Qu’est ce que la génétique du paysage
Que sont les deux cadres théoriques réunis
Science qui analyse les intéractions entre la génétique des populations et les caractéristiques du paysage
Génétique des populations
Ecologie du paysage
Quel est l’intéret principal de la génétique du paysage
Quel est l’intéret en gestion et conservation
Identifier les paramètres du Paysage responsable de la structure génétique, effets de ces paramètres sur les forces évolutives
limite ou favoriser dispersion
Que sont les différentes méthodes pour associer paysage à la génétique
1- Isolement par la résistance
un type de patch ou variable enviro va affecter variation génétique ?
2- Statistiques spatiale
Quel type de patron spatial au sein du paysage EXPLIQUE la variation
Quelle est la différence de l’isolement par la distance vs isolement par la résistance
Isolement distance :
Modèle prédit que chaque élément du paysage est équivalent dans leur resistance
Isolement par la résistance
Modèle prédit que certain élément du paysage produisent une plus grande resistance au flux gébique
A quoi est due l’atteinte de l’équilibre du coef de consanguinité
Rappelez la formule du fst
interaction derive - migra
1/4nem+1
Pour l’hypoth;se de panctimie, dans quel cas on rejete l’hypothèse nulle
si la probabilité que les fréquences alléliques observées entre échantillon soit homogène est inférieure à p< 0.05
Quand on compare l”ampleur de la différenciation, que signifie un Hmoyen en dessous de Hglobal?
Comment calculer
H moyen plus petit que Hglobal : ecart. + PETIT QUE SI PAS DE STRUCTURE DE POPULATON
H MOYEN : on fait la moyenne des 2 pq des allèles
global on utilise le pq moyen des allèles
Quellle est la conclusion de Wright
La réduction en hétérozygote résultant de la structure de population est intimement liée à la réduction en hetero causée par la consanguinité
Qu’est ceuq le Fsr et Frt
Fsr
réduction hetero due à la structure de population relativement à celle attenude dans une région (fid région(
Frt : réduction hétéro due à la structure enrégions relativemen tà celle attendue sur l’ensemble d’un système
