Genetik Pöggeler 7

Question 1

Wie können Introns in eukaryotischen Genomen annotiert werden? Nennen und beschreiben sie 3 verschiedene Methoden.

Answer 1

1. DNA-Vergleich mit cDNA (mRNA Transkripte, EST: expressed sequence tag)
2. Synthenieanalysen: Untersuchen und Vergleich der Konservierung, cDNA-Interspeziesvergleich (Genomannotation)
3. Tilling-Arrays

Question 2

Wie funktionieren Microarrays?

Welche Arten gibt es und wofür werden sie verwendet?

Answer 2

Ein Chip der viele sich wiederholende Genfragmente eines Organismus aufweist. Er enthält das gesamte, in Kästchen aufgeteilte, Genom. Aus den zu Vergleichenden Organismen wird die mRNA isoliert und in markiere cDNA umgeschrieben. Die cDNA bindet an der komplementären DNA am Chip, aus der Messung der Fluoreszenz beider cDNA-Arten wird das Verhältnis der spezifischen mRNAs zwischen den beiden zu vergleichenden Organismen ausgerechnet. Wodurch wiederum auf die Genexpression geschlossen werden kann.

• DNA Microarrays: Nachweis des mRNA-Verhältnisses bestimmter Gene oder Organismen, es werden nur relative Werte gewonnen.
• > Vergleich zwischen verschiedenen Chips nicht möglich
• Tilling Arrays: Aussagen über die Genomstruktur, regulatorische Bereiche und Genexpression.
• > Vergleich zwischen mRNA und DNA eines Organismus
• Affymetrix: Für jeden Chip gibt es nur eine Fluoreszenzmarkierung, es entstehen hier allerdings absolute anstatt relative Werte.
• > Vergleich von Chips untereinander.