détection/identification micro-organismes (cours 2) Flashcards
Pouvez-vous proposer deux critères que l’on peut utiliser lorsque l’on veut identifier une
bactérie par observation au microscope, et deux critères lorsqu’on veut l’identifier une bactérie
sur la base de ou bien une colonie bactérienne à l’œil nu.
Observation au miscroscope : 1- la morphologie et 2- la coloration (Gram, coloration simple,
coloration négative, coloration acido-alcoolo-résistant, etc) = permet de classer et identifier les
bactéries en fonction de leur parenté et de leurs propriétés de coloration
Observation à l’œil nu : 1- morphologie macroscopique (l’aspect visuel de la colonie à l’œil nu)
la taille (la taille de la colonie visible sans miscroscope) et 2- l’odeur = ces caractéristiques
macroscopiques peuvent fournir des indices initiaux sur l’identité d’une bactérie, bien que des
tests plus approfondis soient généralement nécessaire pour une identification précise
Quelle est la différence entre bleu de méthylène et encre de Chine?
Coloration de bleu de méthylène : coloration simple (1 seul colorant) il pénètre les bactéries
pour les coloré en bleu et laisse le fond clair
Coloration à l’encre de Chine : coloration négative, dont le colorant ne pénètre pas dans les
bactéries, cependant il change la couleur du fond en plus foncé, il est notamment utilisé pour
visualiser la capsule de certaines bactéries
Ces deux techniques permettent de visualiser différents aspects des bactéries au microscope,
aidant ainsi à leur identification
Qu’est-ce que la coloration acido-alcoolo-résistante? Quelle espèce bactérienne détecte-t-elle
principalement?
La coloration acido-alcoolo-résistante est une forme de coloration utilisé sur certains micro-
organisme résistant à la décoloration alors une mixture d’acide et d’alcool est utilisé. Les
espèces bactériennes détectées sont principalement des bactéries intracellulaires (bactéries
cachées à l’intérieure des cellules humaines), qui ont des parois cellulaires atypique (cela est
pourquoi elles sont difficiles à détecter et qu’elles sont résistantes à de nombreux désinfectants
et aux traitements habituels). Les bactéries « acid-fast » apparaissent rose fuchsia après la
coloration, et les bactéries « non acid-fast » vont tacher bleu. Les bactéries « acid-fast »
apparaissent rose fuchsia après la coloration, et les bactéries « non acid-fast » vont tacher bleu.
Exemple : Mycobacterium tuberculosis, l’agent responsable de la tuberculose, ainsi que
d’autres espèces du genre MycobacteriumMycobacterium tuberculosis, l’agent responsable de
la tuberculose, ainsi que d’autres espèces du genre Mycobacterium
Les streptocoques et staphylocoques vont apparaître de quelle couleur après une coloration
gram?
Les streptocoques : Mauve = Gram +
Les staphylocoques : Mauve = Gram +
Ils retiennent donc le colorant violet cristal grâce à leurs parois épaisse
Quelle structure bactérienne est révélée par le colorant de Gram?
La structure de la paroi cellulaires des bactéries (les parois épaisses = Gram + donc mauve et
parois mince = Gram – donc rose)
Expliquez la différence entre un milieu minimal et un milieu complexe?
Milieu minimal : c’est un milieu fabriqué en ajoutant 1 à 1 ce dont les bactéries ont besoins
pour croître (contient uniquement les éléments essentiels)
Milieu complexe : c’est un milieu où il y a tous ce dont les bactéries pourraient avoir de besoin
(une variété plus large de nutriments et permet la croissance d’un plus Rand nombre d’espèces
bactériennes)
Pouvez-vous décrire une façon simple de déterminer si une espèce bactérienne est aérobie ou
anaérobie.
La création d’un milieu semi-solide contenant un gradient en oxygène (ensemencement sur
toute la longueur du gradient) puis l’observation de la croissance des bactéries.
1- si les colonies sont dans tout le tube : se sont des bactéries aéro-anaérobies
2- si les colonies sont en haut du tube : se sont des des bactéries aérobies strictes
3- si les colonies sont en haut du tube, mais légèrement sous la surface du liquide : se sont
des colonies micro-aérophiles
4- si les colonies sont en bas du tube : se sont des bactéries anaérobies strictes
Détection de bactéries dans le sang, et détection des mycobactéries : pourquoi ces cultures
sont-elles sujettes à contamination potentielle par d’autres bactéries? Quelles mesures prend-
on pour prévenir ces contaminations?
Bactéries dans le sang : Le sang est normalement un milieu stérile et le but d’une culture de
sang est de pouvoir détecter de façon précoce la présence de bactéries dans le sang, même en
petit nombres. Malheureusement, parfois, ces cultures sont sujettes à contaminations
potentielle par d’autre bactéries, puisque dans le laboratoire ou sont fait les cultures, il y a des
bactéries. Pour prévenir la contamination, les cultures sont faites dans des incubateurs
spéciaux.
Myobactéries : l’espèce rechercher dans ce cas est généralement le M. tuberculosis (une
maladie respiratoire), elle est fastidieuse et des cultures de plusieurs semaines sont courantes.
Des contrôles de qualité sont nécessaire pour vérifier que les micro-organismes isolés sont bien
des myobactéries (les coloration Gram et une coloration acido-alcoolo-résistante). Afin de ne
pas contaminer avec d’autre bactéries les échantillons, ils sont faits dans une salle spéciale et
dans un incubateur spécialisé.
Ces mesures servent à maintenir la stérilité des échantillons et à éviter les faux positifs dus à
des contaminations externes.
Pourquoi procède-t-on à des dépistages systématiques de SARM environnemental, dans les
hôpitaux? Comment procède-t-on? Que signifie « environnemental » ici?
Il y a des dépistages systémiques de SARM environnemental dans les hôpitaux afin d’identifier
des infections nosocomiales, afin de choisir le traitement approprié (antibiotiques), afin de faire
la prévention de propagation et afin de faire une surveillance de l’épidémiologie.
Le mot environnemental signifie : que le dépistage se fait avec l’environnement du patient
(surface fréquemment touchés, etc)
Quelle est la différence entre transcription et traduction?
Transcription : c’est l’ADN qui est traduit en ARN pré-messager puis messsager, afin d’aller faire
la synthèse de protéines, elle se déroule dans le noyau, l’enzyme Arn polymérisé est impliqué
Traduction : c’est lorsque les nucléotides se font traduire en acides aminés à l’aide d’un ARNt
et d’un ribosome lors de la synthèse de protéines
Quel type de molécule la réaction de PCR amplifie-t-elle?
Elle permet l’amplification exponentielle de fragments d’ADN (génomes microbiens), afin d’en
avoir assez pour les analyses
Si on veut détecter le génome du VIH par PCR, quelle étape préliminaire est nécessaire?
L’étape de la transcription inverse de l’ARN viral en ADN est nécessaire avant de détecter le
génome du VIH par PCR
Dans les méthodes modernes de PCR, incluant la PCR quantitative, comment détecte-t-on les
produits de la réaction?
Les produits des réactions sont détectés à l’aide de la fluorescence. Le PCR quantitative utilise
des sondes fluorescentes qui s’hybrident spécifiquement aux séquences d’ADN amplifiées. Au
fur et à mesure que l’amplification progresse, l’intensité de la fluorescence augmente
proportionnellement à la quantité d’ADN produite.
Lorsqu’on quantifie la concentration de virus VIH ou VHC dans le sang de patients par PCR
quantitative, comment s’appelle ce que l’on mesure?
On mesure les génomes microbiens (charge virale)
Un ELISA permet de détecter quel type de molécule?
Un ELISA permet de détecter un antigène ou anticorps donc principalement des protéines
