Classification et taxonomie Flashcards
Définition taxonomie (a.k.a. taxinomie) ?
- Décrit et définit les taxons (groupes) qui servent à nommer et classer les organismes
- Se base sur des caractéristiques communes
- Permet de regrouper les organismes qui sont similaires, établir des critères d’identification de nouvelles espèces et les nommer, etc.
- Carl von Linné : père de la taxonomie.
Définition étude systématique ?
Étude de la diversité via classement et dénombrement des taxons
Définition étude phylogénétique ?
Classe les taxons en hiérarchie démontrant leur parenté évolutive (souvent sous forme d’arbre)
Système de Woese ?
- Suggère les domaines (supérieurs aux règnes)
- Étudie les archées
- Conclut que les eucaryotes sont évolutivement éloignés des procaryotes et que archés similaires à eucaryotes.
ARN (définition, types) ?
DÉFINITION :
Copie d’un segment d’ADN (ADN = séquence unique pour tous les organismes et toutes les souches)
TYPES :
* Ribosomal
* Messager
* Transfert.
ARN ribosomal (fonction, caractéristiques) ?
FONCTION :
Fonction structurale importante au niveau du ribosome
CARACTÉRISTIQUES :
* Séquence très conservée dans l’évolution des organismes.
- Relativement petit et facile à séquencer.
Paroi cellulaire des trois domaines de Woese (eucaryotes, bactéries, archées)?
EUCARYOTES :
Contient glucides ( = environ peptidoglycanes)
BACTÉRIES :
Contient peptidoglycane.
ARCHÉES :
Ne contient pas de peptidoglycane.
Les virus et les trois domaines de Woese ?
Exclus, plutôt classés par leur génome et morphologie.
Théorie de l’évolution par endosymbiose (caractéristiques des mitochondries et chloroplastes) ?
- Même taille que les bactéries
- ADN circulaire
- ARNr est semblable au bactéries
- Ribosomes 70S
- Synthèse protéique est inhibée par la streptomycine (antibiotique)
- Se divisent par fission binaire
- Double membrane comme les bactéries à Gram négatif.
*Chloroplastes ressemblent aux cyanobactéries
Arbre phylogénétique (définition, comparaison, utilisation des génomes) ?
DÉFINITION :
Regroupement taxons selon des propriétés communes (suppose un ancêtre commun)
COMPARAISON :
* Culture pure
* Composition génétique
UTILISATION GÉNOME (ARNr) :
* Fréquences des mutations
* Détermination du moment de la divergence
Comment se fait la classification des organismes procaryotes ?
- Distinction entre les espèces , puis entre les membres d’une même espèce.
- Nomenclature : Ajout d’une lettre, numéro ou nom suivant épithète spécifique (ex.: Escherichia coli K12)
Nomenclature scientifique (genre, épithète, comment on l’écrit si à la main ou par ordi) ?
GENRE : Toujours une lettre majuscule.
ÉPITHÈTE : Jamais de lettre majuscule.
ÉCRITURE : en italique (ordi) ou souligné (main)
Classification versus Identification ?
CLASSIFICATION :
- Plusieurs caractéristiques à déterminer (ex.: source/habitat de l’isolat bactérien, composition paroi, besoins en oxygène, épreuves biochimiques, etc.)
- Modèle de classification préétabli
IDENTIFICATION :
Technique la plus rapide possible
Méthodes de classification et d’identification (indice : tests)?
TRADITIONNELLES :
* Caractères morphologiques : étude des bactéries individuelles d’une culture pure. Utilisation de la microscopie pour forme, taille, structure, etc.
- Caractères tinctoriaux (colorations) : pour bactéries Gram et bactéries acido-alcoolo-résistantes.
- Épreuves biochimiques : fait ressortir la présence d’enzymes spécifiques chez les bactéries. Exemples : test de ermentation des sucres, oxydase, catalase, etc.
- Épreuves sérologiques : Permet de différencier des souches (Sérotypes ou sérovars). Exemples = test agglutination sur lame
- Combinaison de celles-ci.
MOLÉCULAIRES :
* Composition des bases de l’ADN : Évaluation de la teneur en liens G et C de l’ADN. Ne peut être interprétée seule.
- Séquençage de l’ARN ribosomal : Présent dans toutes les cellules de microorganismes. Peu de variation temporelle. Analyse possible sans faire croître les microorganismes (amplification en chaîne de la polymérase (PCR)).
Définition Lysotypie ?
- Analyse des bactériophages capables d’infecter une bactérie.
- Utilisé principalement en épidémiologie
