5 - acides aminés Flashcards

1
Q

composition des acides aminés (4)

A
  • fonction acide-carboxyl (COOH)
  • fonction amine (NH2)
  • chaine latérale variable (R)
  • carbone central
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2
Q

nom centre chiral des AA

A

carbone C apha

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3
Q

2 énantiomères des AA

A

D et L

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4
Q

distinction forme L et D des AA : convention de Fischer (3)

A
  • forme L -> “CO-R-N”
  • forme D -> “CO-N-R”
  • atome de H sort de feuille et on regarde suite atomes à partir du COO- dans sens horaire
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5
Q

quelle forme prédominante dans nature

A

forme L (forme D présente aussi mais moins)

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6
Q

certains AA participent pas à synthèse prot (2)

A
  • thyroxine = hormone
  • GABA = neurotransmetteur, amine sur Cγ au lieu de Cα
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7
Q

numérotation carbone de chaines latérales

A

avec alphabet grec, commence par Cα
(centre chiral)

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8
Q

nomenclatures acide glutamique

A

Glu, E

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9
Q

nomenclatures acide aspartique

A

Asp, D

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10
Q

nomenclatures alamine

A

Ala, A

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11
Q

nomenclatures arginine

A

Arg, R

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12
Q

nomenclatures asparagine

A

Asn, N

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13
Q

nomenclatures cystéine

A

Cys, C

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14
Q

nomenclatures glutamine

A

Gln, Q

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15
Q

nomenclatures glycine

A

Gly, G

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16
Q

nomenclatures histidine

A

His, H

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17
Q

nomenclatures isoleucine

A

Ile, I

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18
Q

nomenclatures leucine

A

Leu, L

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19
Q

nomenclatures lysine

A

Lys, K

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20
Q

nomenclatures méthionine

A

Met, M

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21
Q

nomenclatures phénylalanine

A

Phe, F

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22
Q

nomenclatures proline

A

Pro, P

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23
Q

nomenclatures sérine

A

Ser, S

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24
Q

nomenclatures thréonine

A

Thr, T

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25
Q

nomenclatures tryptophane

A

Trp, W

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26
Q

nomenclatures tyrosine

A

Tyr, Y

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27
Q

nomenclatures valine

A

Val, V

28
Q

AA avec chaines latérales non polaires (9)

A
  • glycine
  • alanine
  • valine
  • leucine
  • isoleucine
  • méthionine
  • phénylalanine
  • tryptophane
  • proline
29
Q

AA avec chaines latérales polaires (6)

A
  • sérine
  • thréonine
  • cystéine
  • tyrosine
  • asparagine
  • proline
30
Q

AA avec chaines latérales acidiques (2)

A
  • aspartate
  • glutamate
31
Q

AA avec chaines latérales basiques (3)

A
  • lysine
  • arginine
  • histidine
32
Q

caractéristique Gly

A

non polaire

33
Q

caractéristique Ala

A

grpe méthyl

34
Q

caractéristique Val

A

alphatique branché

35
Q

caractéristique Leu

A

alphatique branché

36
Q

caractéristiques Ile (3)

A
  • alphatique branché
  • isomère de Leu
  • 2 centres chiraux
37
Q

caractéristiques Met (2)

A
  • codon START
  • 1 sur 2 AA contenant du soufre
38
Q

caractéristique Pro

A

helix breaker

39
Q

caractéristique Phe

A

grpe phényl

40
Q

caractéristiques Trp (2)

A
  • un peu moins hydrophobe
  • indole (aromatique hétérocyclique)
41
Q

caractéristiques Ser (2)

A
  • grpe -OH
  • possibilité phosphorylation en prot
42
Q

caractéristiques Thr (2)

A
  • grpe -OH
  • possibilité phosphorylation en prot
43
Q

caractéristiques Tyr (2)

A
  • grpe -OH
  • possibilité phosphorylation en prot
44
Q

caractéristiques Asn (2)

A
  • grpe amine
  • pas ionisable
45
Q

caractéristiques Gln (2)

A
  • grpe amine
  • pas ionisable
46
Q

caractéristiques Cys (4)

A
  • 2 sur 2 AA contenant du soufre
  • grpe suflhydryle -SH formant 1 thiol
  • forme ponts disulfures
  • forme oxydée de Cys = cystine, impce ds prot
47
Q

caractéristiques communes à Lys, Arg, His, Asp, Glu (3)

A
  • cycle imidazole
  • pKa proche neutralité
  • dans sites actifs des enz
48
Q

lien pour apprendre structure des AA

A

https://www.athleticarcade.com/educational/match/aminoacids/index.html

https://www.athleticarcade.com/educational/match/amino amino-acid-legacy.html

diapo 22

49
Q

formule mathématique du pH

A

-log[H+]

50
Q

que contient pH acide (<7)

A

majorité H+

51
Q

que contient pH basique (>7)

A

majorité OH-

52
Q

que se passe-t-il si pH de plus en plus bas VS pH élevé

A

pH bas : la solution “donne” ses H+ au grpement ionisable de AA
pH élevé : grpement ionisable de l’AA tend à déprotoner

53
Q

que possède eau

A

faible tendance à se dissocier en ions : 2 H2O -> H3O+ + OH-
-> auto-ionisation

54
Q

formule pH de eau

A

concentration H3O+ ou H+ (solvaté) ds eau pure à 25°C = [H3O+]1x10^-7 M
pH = -log(H3O+) = 7

55
Q

2 fonctions ionisables de l’AA (3)

A
  • fonction carboxyle
  • fonction amine
  • AA = ion dipolaire -> 1 fonction donne facilement son proton à pH faible et autre difficilement à pH basique
56
Q

constantes de dissociation de AA (3)

A
  • au moins 2
  • 1 pour chaque fonction : K1 pr caboxyle et K2 pr amine
  • entre pH de α-carboxyle et α-amine -> ISO
57
Q

def ISO (2)

A
  • point isoélectrique
  • pH auquel l’AA a une charge nette de 0 (équilibre des charges + et -)
58
Q

3 formes de l’AA (4)

A
  • chargé +
  • neutre (équilibre charges)
  • chargé -
  • pH det quelle forme AA majoritaire
59
Q

est-ce AA influence pH de solution

A

oui

60
Q

que se passe-t-il dans une titration

A

AA tamponne pH autour de ces pKs (par exemple ajout HCl a peu effet sur pH)

61
Q

équation de Henderson-Hasselbalch (5)

A
  • permet det pH à partir de C° de acide [HA] et sa base conjuguée [A-]
  • pH = pK + log ([A-]/[HA])
  • K = constante de dissociation
  • qd C° formes protonées et non-protonées est identique -> pH de solution et au pK (log de 1 = 0)
  • permet det ratio formes ioniques de AA d’intêret à pH donné
62
Q

ionisation des AA : point isoélectrique pour AA à chaine latérale non-chargée (3)

A
  • facile de det le point isoélectrique = moyenne de pK1 et pK2 (à gauche et droite de forme neutre)
  • pI = (pK1 + pK2)/2
  • écrire cascade ioniosation et det charge globale (nette) -> id° forme de AA avec charge nette nulle (neutre) -> faire moyenne des pKa
63
Q

ionisation des AA : point isoélectrique pour AA à chaine latérale chargée (3)

A
  • écrire cascade ionisation et det charge globale (nette) -> id° forme de AA avec charge nette nulle (neutre) -> faire moyenne des pK de part et d’autre de forme neutre
  • pKR = pK de chaine latérale “R”
  • pI = (pK1 + pKR)/2
64
Q

ionisation des AA : point isoélectrique pour AA chargés à chaine latérale basique

A

pI = (pK2 + pKR)/2

65
Q

modif° des AA (4)

A
  • modif AA sur chaine latérale après traduction par enz
  • modifs ne concernent que certains AA -> partage grpe fonctionnel
  • modif change propriétés de AA
  • dynamiques ou statiques -> élément clé ds régulation prot
66
Q

modules d’AA composés de 3 éléments

A
  • dipeptides
  • oligopeptides
  • protéines